Hà Nội T&T là ứng viên vô địch U17 Quốc gia khi ghi danh vào VCK trước 2 vòng đấu.
Sau lượt trận cuối cùng của vòng loại, các suất vé giành quyền tham dự VCK U17 Quốc gia 2016 còn lại cũng đã được xác định. Sanatech Khánh Hòa đã giành thắng lợi 4-1 trước Bình Thuận, qua đó giành vé vào VCK trên cương vị là đội nhì bảng C. Cùng chung niềm vui với Sanatech Khánh Hòa là QNK Quảng Nam tại bảng B. Chiến thắng 1-0 trước Hà Tĩnh đã giúp họ vượt qua đối thủ cạnh tranh trực tiếp là SHB Đà Nẵng để gia nhập danh sách 8 đội giành vé trực tiếp tham dự VCK.
Mất ngôi nhì bảng về tay QNK Quảng Nam, nhưng SHB Đà Nẵng vẫn có thể giữ trọn niềm vui khi giành vé tới Tây Ninh thi đấu VCK với tư cách là 1 trong 3 đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất trong các bảng.
Hai đội xếp thứ ba còn lại có thành tích tốt nhất là Đăk Lăk tại bảng C (12 điểm) và Long An tại bảng D (11 điểm).
Như vậy, sau khi kết thúc vòng loại, 12 đội tham dự VCK đã được xác định gồm: Hà Nội T&T (Nhất bảng A), Viettel (Nhì Bảng A), SLNA (Nhất bảng B), QNK Quảng Nam (Nhì Bảng B), HAGL (Nhất bảng C), Sanatech Khánh Hòa (Nhì bảng C), PVF (Nhất bảng D), Đồng Tháp (Nhì bảng D), SHB Đà Nẵng, Đăk Lăk, Long An (3 đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất trong các bảng) và Tây Ninh (chủ nhà VCK).
12 đội xuất sắc vượt qua vòng loại để giành quyền vào VCK sẽ được chia vào 2 nhóm A và B, mỗi 6 đội thi đấu vòng tròn một lượt tại mỗi nhóm để tính điểm xếp hạng. Hai đội đứng đầu mỗi nhóm sẽ vào thi đấu vòng bán kết. Hai đội thắng tại bán kết sẽ gặp nhau trong trận chung kết tranh vô địch, 2 đội thua tại bán kết xếp đồng giải Ba.
Theo lịch thi đấu, VCK sẽ diễn ra từ ngày 3/8 đến 18/8/2016. Địa điểm tổ chức các trận đấu thuộc nhóm A của VCK đã được xác định tại SVĐ Tây Ninh và SVĐ Hòa Thành – Tp.Tây Ninh. Trong khi đó, địa điểm tổ chức các trận đấu thuộc nhóm B sẽ đươc BTC thông báo sau.
Kết quả chung cuộc vòng loại U17 Quốc gia 2016: