Tham dự giải có 32 đội được chia thành hai khu vực: miền Bắc (16 đội) và miền Nam (16 đội). Giải đấu áp dụng luật thi đấu bóng đá 7 người. Các đội thi đấu theo thể thức đá Cúp, 2 đội vô địch miền sẽ thi đấu tranh Siêu Cúp tại Hà Nội.
Về cơ cấu giải thưởng, đội vô địch sẽ nhận Cúp VCCI, kỷ niệm chương và giải thưởng trị giá 30 triệu đồng. Giải Nhì gồm huy chương và giải thưởng trị giá 20 triệu đồng. Giải Ba sẽ nhận huy chương và giải thưởng trị giá 10 triệu đồng. Giải phong cách sẽ nhận kỷ niệm chương và giải thưởng trị giá 5 triệu đồng.
Ngoài ra, Ban tổ chức sẽ trao kỷ niệm chương và giải thưởng trị giá 5 triệu cho cầu thủ xuất sắc nhất giải; trao kỷ niệm chương và giải thưởng trị giá 3 triệu đồng cho danh hiệu vua phá lưới và thủ môn xuất sắc nhất.
Cúp VCCI năm 2018 sẽ khởi tranh vào ngày 23/6 và kết thúc vào ngày 23/10. Các đội sẽ thi đấu tại sân vận động C500 - Học viện An Ninh, đường Nguyễn Trãi, Hà Nội.
Giải bóng đá doanh nghiệp toàn quốc lần thứ 3 - Cúp VCCI năm 2018 nhằm mục đích kết nối và tạo cơ hội giao lưu giữa các đơn vị, tổ chức, doanh nghiệp và doanh nhân, nhân kỷ niệm 55 thành lập VCCI, hướng đến chào mừng Ngày Doanh nhân Việt Nam (13/10).