Trong 10 năm qua, quan hệ thương mại Việt Nam - Nhật Bản đã tăng gấp 4 lần giai đoạn trước, cán cân thương mại hai nước khá cân bằng. Cơ cấu mặt hàng xuất khẩu bổ trợ cho nhau phát triển chứ không cạnh tranh mạnh như các thị trường khác. Thương mại hai nước nhiều năm qua cũng không áp dụng biện pháp chống bán phá giá, trợ cấp với hàng hóa của nhau.
Hiệp định đối tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản (JVEPA) được thực hiện đã đẩy mạnh quan hệ thương mại giữa hai nước. Trong năm 2012, Việt Nam xuất khẩu 13 tỷ USD sang Nhật Bản và nhập khẩu từ Nhật Bản 12 tỷ USD.
Các mặt hàng xuất khẩu của Việt Nam qua Nhật là dầu thô, dệt may, phương tiện vận tải và phụ tùng, hàng thủy sản, gỗ và các sản phẩm gỗ, da giày, nông sản. Còn Việt Nam nhập khẩu các mặt hàng của Nhật Bản để phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh như máy móc, thiết bị, phụ tùng, máy vi tính, linh kiện và các sản phẩm điện tử, linh kiện phụ tùng ô tô…
Theo Cục Đầu tư nước ngoài (Bộ Kế hoạch Đầu tư), tính đến tháng 6/2013, Nhật Bản có 1.990 dự án, với tổng vốn đăng ký gần 33 tỷ USD, đứng đầu các nước có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI) vào Việt Nam. Chỉ riêng trong 2 quý đầu năm 2013, các doanh nghiệp Nhật Bản đã đầu tư vào Việt Nam gần 4 tỷ USD và xu hướng này vẫn đang tiếp tục đầu tư, mở rộng.
Tính đến nay, Việt Nam đứng thứ hai về số lượng tập trung các công ty sản xuất của Nhật Bản ở khu vực ASIAN, sau Thái Lan.