Nhiều chuyên đề KTSTQ quy mô lớn, có số truy thu cao đã được thực hiện như: chuyên đề "Mã số linh kiện xe máy", truy thu 46 tỷ đồng; chuyên đề "Định mức nguyên liệu loại hình sản xuất xuất khẩu": hơn 119 tỷ đồng; chuyên đề "Mã số, thuế suất linh kiện ô tô": hơn 157 tỷ đồng…
Nhiều đơn vị đạt số thu cao như: Cục Kiểm tra sau thông quan (TCHQ) truy thu 232,78 tỷ đồng, Cục Hải quan Đồng Nai: 281,40 tỷ đồng, Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh: 202,91 tỷ đồng, Cục Hải quan Quảng Ninh: 199,75 tỷ đồng… Công tác KTSTQ đã ngăn chặn, xử lý kịp thời sai phạm của các tổ chức, cá nhân, qua đó góp phần quan trọng vào việc chống thất thu ngân sách nhà nước.