Liên quan đến những tồn tại hiện nay đối với các trạm thu phí BOT đặt không đúng chỗ, Bộ GTVT đã di chuyển trạm thu phí Tào Xuyên - Thanh Hóa và sắp tới sẽ là trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài.
Trạm thu phí đặt ở đường Nội Bài nhưng dự án hoàn vốn lại ở Vĩnh Phúc. Dư luận đã nhiều lần lên tiếng về sự bất hợp lý đối với Trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài, UBND TP Hà Nội cũng đã từng kiến nghị cần phải xóa bỏ trạm thu phí này. Xuất phát từ những lý do này, Bộ GTVT đã đề xuất với Chính phủ sẽ di chuyển trạm về QL2, đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên. Tuy nhiên, đây chỉ mới là đề xuất, việc quyết định có tạm dừng trạm thu phí này hay không còn phụ thuộc vào chỉ đạo của Chính phủ sau khi có đầy đủ ý kiến của Bộ KH&ĐT và Bộ Tài chính.
Tại buổi họp báo chiều 6/5, Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường cho biết thêm, trong thời gian tới, Bộ GTVT cũng sẽ có phương án xử lý đối với các trạm thu phí BOT đặt không đúng chỗ khác.
“Hiện nay, chúng tôi đang rà soát lại để kiến nghị với Bộ Tài chính, với Chính phủ dần dần để sắp xếp các trạm BOT vào đúng đường. Trong thời gian ngắn, chúng tôi sẽ điều chỉnh vấn đề này và đối với các dự án BOT mới sẽ không có hiện tượng này xảy ra nữa”.
Ngoài các trạm thu phí BOT, việc duy trì các trạm chuyển giao quyền thu phí sau khi thu phí bảo trì đường bộ là vấn đề được nhiều ý kiến tại buổi họp báo quan tâm. Nhiều ý kiến cho rằng, nếu không sớm xóa bỏ 4 trạm Phù Đổng, Hoàng Mai, Bàn Thạch (QL1), và Bãi Cháy (QL18), thì tình trạng phí chồng phí là khó tránh khỏi.
Đối với 4 trạm chuyển quyền thu phí, theo văn bản của Thủ tướng: Hai trạm thu phí Phù Đổng và Bãi Cháy sẽ được xử lý theo phương án Nhà nước mua lại, còn hai trạm Hoàng Mai và Bàn Thạch thì sẽ chuyển giao hai nhà đầu tư BOT để thu phí hoàn vốn các dự án BOT.