Động thái đầu tiên của ngành Thuế chính là việc thành lập Tổ thường trực hỗ trợ doanh nghiệp bị thiệt hại tại Tổng cục Thuế và một số cục thuế nơi có doanh nghiệp bị ảnh hưởng, nhằm nắm bắt tình hình, giải quyết kịp thời các khó khăn vướng mắc về chính sách thuế đối với doanh nghiệp bị thiệt hại.
Ngoài ra, cơ quan Thuế thực hiện bán hóa đơn cho doanh nghiệp bị thiệt hại không có khả năng in hóa đơn và cung cấp miễn phí trong vòng 1 năm phần mềm tự in hoá đơn cho các doanh nghiệp bị thiệt hại.
Cơ quan Thuế cũng tạo điều kiện thuận lợi, cung cấp kịp thời các hồ sơ, tài liệu hỗ trợ cho doanh nghiệp. Đồng thời, thực hiện gia hạn nộp hồ sơ khai thuế; chủ động rà soát số thuế nợ tại thời điểm 30/4/2014 của các doanh nghiệp bị thiệt hại và tạm dừng việc tính tiền chậm nộp đối với số thuế nợ này; hỗ trợ đến các doanh nghiệp thực hiện các thủ tục cần thiết để gia hạn, giải quyết ngay các hồ sơ xin gia hạn nộp thuế.
Cơ quan Thuế các cấp thực hiện ưu tiên giải quyết ngay hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của doanh nghiệp bị thiệt hại. Ngoài ra, Tổng cục Thuế cam kết tạm dừng kế hoạch thanh tra đối với doanh nghiệp bị thiệt hại mà trước đó đã có kế hoạch thanh tra.