Các đại biểu tham dự hội thảo đã tập trung thảo luận, cho ý kiến một số vấn đề được nêu trong Dự thảo liên quan đến những tồn tại, hạn chế cần khắc phục, cũng như phương hướng, nhiệm vụ cải cách hệ thống tư pháp. Mục tiêu được đặt ra trong 30 năm qua về hệ thống tư pháp là phải tiếp tục hoàn thiện chính sách, pháp luật hình sự và dân sự phù hợp với nền kinh tế thị trường xã hội chủ nghĩa, hoàn thiện các thủ tục tố tụng tư pháp, được kết hợp chặt chẽ với việc cải cách hành chính và bảo đảm tính đồng bộ, dân chủ, công khai, minh bạch, bảo vệ quyền con người theo tinh thần Hiến pháp vừa được Quốc hội thông qua.
Góp ý một số vấn đề cụ thể, nhiều đại biểu đề nghị Dự thảo cần nghiên cứu xây dựng cơ chế để tòa án thực hiện quyền tư pháp, với vị trí trung tâm trong mối quan hệ với các cơ quan tư pháp khác; nhằm nâng cao chất lượng tranh tụng tại phiên tòa, coi đây là khâu đột phá của đổi mới, hoàn thiện hệ thống tư pháp.
Dự thảo cũng nên quy định rõ ràng, cụ thể hơn về các tội phạm kinh tế nhằm khuyến khích sản xuất kinh doanh nhưng vẫn đam bảo sự nghiêm minh của pháp luật. Có đại biểu đề nghị tiếp tục nghiên cứu hoàn thiện cơ chế lãnh đạo của Đảng với công tác tư pháp, kiện toàn tổ chức Đảng phù hợp với hệ thống các cơ quan tư pháp; tăng cường giám sát thông qua cơ quan tư pháp như Ủy ban Tư pháp Quốc hội hay Hội đồng nhân dân cấp tỉnh.