Bản đánh giá này trên thực tế không phải chỉ do riêng Quỹ quốc tế bảo vệ thiên nhiên thực hiện, mà là kết quả đánh giá chung cả 3 tổ chức gồm: WWF, North Sea Foundation và Marine Conservation Society. Mặc dù vậy, nhận định ban đầu của Tổng cục Thủy sản về bản đánh giá này vẫn là thiếu cơ sở khoa học và không hợp lý.
Báo cáo đánh giá đầy đủ về cá tra Việt Nam mà Quỹ Quốc tế bảo vệ thiên nhiên WWF Việt Nam đã gửi cho Tổng cục Thủy sản. Báo cáo này được công bố vào ngày 22/6/2010. Tổng cục Thủy sản cho biết, có 2 bản đánh giá, một là đánh giá về cá tra trong hệ thống ao nuôi, hai là cá tra được nuôi bè trên sông.
Có 4 tiêu chí chính để đánh giá gồm: Hệ thống sản xuất; Mức độ ảnh hưởng đến môi trường sinh thái; Thức ăn chăn nuôi và Công tác quản lý. Bốn tiêu chí này được tính điểm theo hệ thống 19 câu hỏi. Theo Tổng cục Thủy sản, trong 19 câu hỏi mà bản báo cáo đưa ra, có 7 câu là không có cơ sở dữ liệu, 12 câu còn lại thì trích nguồn thông tin từ 2 tài liệu là Tạp chí Aquacuture số 296 năm 2009 và Bản báo cáo tác động môi trường của hệ thống nuôi cá tra do Đại học Wageningen (Hà Lan) thực hiện năm 2009.
Mặc dù vậy, kết quả thu được vẫn là cá tra Việt Nam được âm 11 điểm và bị xếp vào danh mục màu đỏ.
Ông Phạm Anh Tuấn, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy sản-Bộ NN-PTNT cho rằng: “Rất thất vọng vì đây là bản đánh giá rất nghèo nàn và cẩu thả. Khi đánh giá cả 1 hệ thống nuôi cá tra mà chỉ căn cứ vào 1, 2 tài liệu này thì không đủ. Đấy là chưa kể để lấy số liệu đăng trên tạp chí thì mất 1-2 năm. Tôi từng làm phản biện cho tạp chí này tôi biết. Vì vậy, số liệu đó không thể đại diện cho năm 2010”.
Cũng theo Tổng cục Thủy sản, những đánh giá trong bản báo cáo cũng có nhiều thông tin sai lệch và khá máy móc. Ví dụ như cho cá tra bị âm 2 điểm vì không xác định được nguồn gốc đạm và khô dầu sử dụng trong thức ăn chăn nuôi cá tra là từ động vật hay thực vật. Hay cũng bị âm 2 điểm do nguy cơ phá hoại hệ sinh thái của cá tra khi thoát ra môi trường tự nhiên trong khi, trên thực tế, cá tra là loài bản địa trong môi trường tự nhiên, chứ không phải sinh vật ngoại lai.
Ngày 14/12, đại diện Quỹ quốc tế bảo vệ thiên nhiên thế giới sẽ sang Việt Nam và đối thoại trực tiếp với Tổng cục Thủy sản và Vasep về bản báo cáo đánh giá này.