Nhằm thực hiện giám sát các chỉ số về ô nhiễm môi trường, chất lượng nước thải sau khi xử lý, việc lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động là điều bắt buộc đối với các nhà máy, khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu kinh doanh, dịch vụ tập trung, làng nghề có lượng nước thải trên 1.000m3/ngày đêm. Tuy nhiên đến nay, tại Khánh Hòa vẫn còn nhiều đơn vị chưa tiến hành lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động theo quy định.

Theo Sở Tài nguyên Môi trường, hiện toàn tỉnh có 8 đơn vị phải lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động, bao gồm: Nhà máy Đường Khánh Hòa, Nhà máy Đường Ninh Hòa, Nhà máy xử lý nước thải Nha Trang, Nhà máy bia Sài Gòn - Khánh Hòa, Khu công nghiệp Suối Dầu, Khu công nghiệp Ninh Thủy, Cụm công nghiệp Diên Phú, Công ty Cổ phần Dệt May Nha Trang. Mặc dù Sở Tài nguyên Môi trường đã yêu cầu các đơn vị phải triển khai lắp đặt từ năm 2016, tuy nhiên đến nay chỉ mới có 3 đơn vị là Khu công nghiệp Suối Dầu, Nhà máy Đường Khánh Hòa và Nhà máy Đường Ninh Hòa thực hiện.

Ngoài việc giám sát các chỉ số ô nhiễm môi trường, chất lượng nước thải sau khi xử lý; hệ thống quan trắc nước thải tự động còn xây dựng cơ sở dữ liệu về kiểm soát ô nhiễm môi trường phục vụ công tác quản lý cũng như đưa ra các biện pháp khống chế ô nhiễm. Bên cạnh hệ thống quan trắc nước thải tự động, tỉnh Khánh Hòa đang tiến hành xây dựng mạng lưới các trạm quan trắc cố định như các trạm quan trắc chất lượng không khí tiếng ồn, các trạm quan trắc chất lượng nước biển ven bờ...