Hiện ở Phú Yên đã có 35/88 xã đạt tiêu chuẩn nông thôn mới. Tuy nhiên, trong 31 xã đã đạt chuẩn nông thôn mới giai đoạn 2014-2016 có 14 xã không giữ vững 19/19 tiêu chí. Nguyên nhân do có sự thay đổi Bộ tiêu chí theo quy định mới ở mức cao hơn nên khi rà soát lại, một số xã đã đạt lại chưa đáp ứng theo yêu cầu mới. Đây cũng là thực tế chung hiện nay của hầu hết các tỉnh, thành trên cả nước.
Tại tỉnh Phú Yên, giải pháp để nâng cao chất lượng các xã không còn giữ vững 19/19 tiêu chí nông thôn mới được UBND tỉnh chỉ đạo phải có giải pháp khắc phục; đồng thời, xây dựng kế hoạch duy trì và nâng cao chất lượng các tiêu chí nông thôn mới cho giai đoạn tới.