Trước tình trạng phát triển tự phát, không có sự quản lý kéo theo dịch bệnh xảy ra liên tục và gây thiệt hại lớn đối với đối tượng nuôi thủy sản bằng lồng bè, UBND tỉnh Phú Yên đã có quyết định về việc quản lý nghề nuôi này. Theo đó, UBND cấp xã sẽ là đơn vị quản lý hồ sơ nuôi trồng thủy sản bằng lồng bè.

Ngoài quy định vật liệu, kết cấu lồng, bè nuôi trồng thủy sản phải chắc chắn, bảo đảm chống chịu được điều kiện gió, bão tối thiểu là cấp 9; các tổ chức, cá nhân nuôi trồng thủy sản bằng lồng, bè phải có quyết định giao hoặc cho thuê mặt nước của UBND tỉnh hoặc của UBND huyện, thị xã, thành phố. Riêng UBND cấp xã thực hiện việc quản lý hồ sơ, thống kê số lượng nuôi được kê khai, gửi về Phòng Kinh tế hoặc Phòng Nông nghiệp - Phát triển nông thôn và Chi cục Thủy sản.

Hiện nay, các địa phương ven biển của Phú Yên đang tiến hành kiểm đếm số hộ và số lồng, bè nuôi trồng thủy sản. Riêng thị xã Sông Cầu là địa phương có diện tích trồng thủy sản lớn nhất tỉnh Phú Yên. Thống kê ban đầu cho thấy, thị xã Sông Cầu có 2.918 hộ nuôi các loài thủy sản, chủ yếu làm tôm hùm với 1.736 bè và 80.448 lồng nuôi. Trong số đó có đến 23.277 lồng nuôi ngoài phân vùng quy hoạch.