Là đại diện xuất sắc nhất của bóng đá Thủ đô hiện tại, nhưng HN.T&T vẫn chưa được xem là đội bóng đích thực của người Hà Nội. (Ảnh: VSI)
Trong 2 mùa giải đầu tiên, bóng đá Thủ đô chỉ có duy nhất một đại diện ở V-League là Công an Hà Nội. Mặc dù là một trong những đội bóng giàu truyền thống của bóng đá Việt Nam nhưng những năm đầu thế kỷ 21 đã là giai đoạn thoái trào và vì thế Công an Hà Nội chỉ có vị trí khiêm tốn: xếp thứ 7 ở V-League 2000-2001 và xếp thứ 8 ở V-League 2001-2002.
Năm 2003, bên cạnh Công an Hà Nội (được mang tên mới là Hàng không Việt Nam) bóng đá Hà Nội còn có thêm một đại diện ở V-League là LG.ACB. Tuy nhiên, thành tích của bóng đá Thủ đô vẫn chưa được cải thiện: HKVN xếp thứ 8 còn LG.ACB đứng đội sổ và phải xuống hạng vào cuối mùa.
Thế nhưng, với việc sáp nhập với HKVN, LG.ACB vẫn được tham dự V-League 2004 với cái tên mới là LG.HN.ACB. Kết thúc mùa giải 2004, đại diện này của bóng đá Thủ đô xếp ở vị trí thứ 5 chung cuộc.
Với việc HP.HN đoạt ngôi á quân ở giải hạng Nhất 2004 và giành quyền thăng hạng chuyên nghiệp, kể từ mùa giải 2005, bóng đá Thủ đô lại có 2 đại diện ở sân chơi V-League là HP.HN và LG.HN.ACB (sau đó được đổi tên thành HN.ACB). Tuy nhiên, sự tăng trưởng về số lượng đó lại không đi kèm với sự gia tăng về chất lượng, khi 2 đại diện của bóng đá Thủ đô tiếp tục thi đấu kém cỏi và thường hiện diện ở nửa dưới của bảng xếp hạng trong 3 mùa giải 2005, 2006, 2007.
2008 có thể coi là năm thoái trào của bóng đá Thủ đô khi HN.ACB và HP.HN nắm tay nhau “chết chìm” ở dưới đáy của bảng xếp hạng V-League 2008, để rồi kết thúc mùa giải 2008, hai đội bóng này đành phải ngậm ngùi quay trở lại hạng Nhất. Tuy nhiên, bóng đá Hà Nội vẫn nhìn thấy “ánh sáng ở cuối đường hầm” khi một đội bóng khác có tuổi đời non trẻ là T&T.HN bất ngờ giành á quân giải hạng Nhất 2008 kèm theo một suất thăng hạng chuyên nghiệp 2009.
Và ngay ở mùa giải chuyên nghiệp đầu tiên, T&T.HN đã về đích ở vị trí thứ 4 - một thành tích mà các đại diện khác của bóng đá Thủ đô chưa bao giờ làm được trước đó.
2010 đánh dấu một năm thành công của bóng đá Hà Nội khi HN.T&T đăng quang ngôi vô địch V-League, trong khi một đại diện khác vừa mới lên hang là HP.HN đã trụ hạng thành công ở vị trí thứ 10 chung cuộc.
Một năm sau, lần đầu tiên trong lịch sử, bóng đá Hà Nội có tới 3 đại diện ở sân chơi chuyên nghiệp là HN.T&T, HP.HN và tân binh HN.ACB. Tuy nhiên, chỉ có HN.T&T là tiếp tục khẳng định được vị thế của mình khi giành ngôi á quân (xếp sau SLNA). 2 đội bóng còn lại: HP.HN xếp ở vị trí thứ 10 trong khi HN.ACB đứng đội sổ và lại phải xuống hạng.
Tuy nhiên, với việc các ông bầu của HP.HN bỏ bóng đá, HN.ACB của bầu Kiên đã quyết định mua lại suất này và tiếp tục tham dự V-League 2012 với tên gọi mới là CLB BĐ Hà Nội. Vì thế ở mùa giải 2012, bóng đá Hà Nội vẫn có 2 đại diện ở sân chơi V-League là HN.T&T và CLB BĐ Hà Nội.
Kết thúc mùa giải 2012, HN.T&T tiếp tục giành ngôi á quân trong khi CLB BĐ Hà Nội xếp ở vị trí thứ 9, và lẽ ra cả hai sẽ tiếp tục hiện diện ở V-League 2013 nếu như không có sự cố bầu Kiên vướng vào vòng lao lí khiến CLB BĐ Hà Nội phải giải thể trong những ngày cuối năm 2012.