Số tiền hoàn thuế trên phần lớn là các doanh nghiệp ở tỉnh Hà Tĩnh với 483 tỷ đồng tiền hoàn thuế giá trị gia tăng. Khoảng 4 tỷ đồng còn lại là số tiền hoàn thuế sớm cho hai doanh nghiệp ở TP.HCM.
Theo báo cáo, các trường hợp này mặc dù doanh nghiệp còn nợ tiền thuế chưa nộp ngân sách của các loại thuế khác, nhưng cơ quan thuế tạm thời chưa thực hiện bù trừ để doanh nghiệp chủ động về tài chính khắc phục khó khăn phục hồi sản xuất.
Hiện tại, cơ quan thuế đã hỗ trợ khôi phục hoá đơn mua vào của một số doanh nghiệp. Đồng thời, cơ quan thuế đã dừng tính tiền chậm nộp của các doanh nghiệp bị thiệt hại với số tiền thuế nợ hơn 200 tỷ đồng ở ba tỉnh là TP.HCM, Đồng Nai và Hà Tĩnh. Ngoài ra, cơ quan quản lý đã tiếp nhận văn bản đề nghị gia hạn thời hạn nộp đối với số thuế còn nợ của 5 doanh nghiệp với số tiền hơn 3 tỷ đồng.