Việc thành lập Ủy ban hợp tác quản lý cửa khẩu có ý nghĩa rất quan trọng, bảo đảm sự chỉ đạo trực tiếp của Chính phủ đối với các cơ quan quản lý cửa khẩu, tạo sự thống nhất giữa các Bộ, ngành liên quan của Việt Nam trong việc trao đổi, phối hợp, hợp tác với phía Trung Quốc nâng cao hiệu quả thực hiện Hiệp định cửa khẩu.
Bên cạnh đó, việc thành lập Ủy ban hợp tác quản lý
cửa khẩu tạo nên môi trường bình đẳng trong xuất, nhập cảnh và xuất nhập khẩu. Về lâu dài, đây sẽ là cơ sở để Bộ Quốc phòng tiếp tục xây dựng cơ chế hợp tác quản lý cửa khẩu với các nước Lào, Campuchia trong thời gian tới.