Chùa Diệu Đế có một vị trí quan trọng trong lịch sử Phật giáo ở Huế. Chùa nguyên là phủ của vua Thiệu Trị trước khi lên ngôi. Sau khi đăng quang, năm 1844, vua Thiệu Trị đã sắc phong làm Quốc tự với mong muốn hướng những người lầm đường lạc lối trở về với điều thiện. Trải qua nhiều biến cố thăng trầm của lịch sử, kiến trúc của ngôi tự này hiện đang bị phá hủy khá nhiều.
Dẫu có lúc huy hoàng hay suy vong theo thời thế, nhưng đến nay chùa Diệu Đế vẫn đứng vững với thời gian, và là cái nôi nuôi dưỡng dòng chảy văn hóa tâm linh của những người con Phật tử xứ Huế.
Điều đặc biệt ở Diệu Đế Quốc tự là bức họa Cửu Long Ẩn Vân, hay còn gọi là Long Vân Khế Hội. Trên trần điện thể hiện 5 con rồng ẩn hiện uốn lượn trên tầng mây và 4 con rồng uốn quanh cột trụ theo một điển tích xưa của Đức Phật Thích Ca Mâu Ni. Bức họa này do nghệ nhân Phan Văn Tánh vẽ. Ông chính là người tạo nên bức "Bửu họa Long Vân" ở Lăng vua Khải Định. Mặc dù bức họa đã có nhiều mảng bị nhòe, bong tróc, nhưng vẫn cho thấy nét độc đáo của nghệ thuật hội họa thời nhà Nguyễn. Bên cạnh đó, chùa Diệu Đế còn là nơi lưu giữ bài vị của vua Thiệu Trị cùng các công chúa, hoàng tử.
Dẫu đã trải qua nhiều thăng trầm của lịch sử, nhưng những giá trị về cảnh quan, văn hóa, tâm linh mà lịch sử để lại vẫn giúp cho chùa Diệu Đế xứng đáng là một nơi để du khách tham quan, vãn cảnh.
