Trong số 74 tuyến kênh với tổng chiều dài gần 400 Km, do Công ty TNHH MTV Thủy nông Đồng Cam (Phú Yên) quản lý, khai thác thì hầu như kênh nào cũng bị lấn chiếm và xả thải bồi lấp lòng kênh. Đơn vị này, đã lập đến 754 biên bản vi phạm và giao cho chính quyền địa phương xử lý. Tuy nhiên, việc xử lý của các địa phương chưa thực sự quyết liệt, nên tình trạng lấn chiếm kênh mương vẫn diễn biến phức tạp.

Hiện tại, quy định xử phạt hành chính trong lĩnh vực phòng chống thiên tai, khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi, đê điều, khung thấp nhất là 30-50 triệu đồng. Với người dân vùng nông thôn, số tiền phạt như vậy là vô cùng lớn. Thế nhưng, quy định này đã đủ sức ngăn chặn người dân không lấn chiếm hành lang an toàn kênh mương hay không, vẫn là câu hỏi.