Công việc thống kê thiệt hại đối với cây công nghiệp vẫn đang còn tiếp tục, bởi vùng chuyên canh cây công nghiệp chịu ảnh hưởng của bão số 12 trải rộng ở nhiều địa phương. Chỉ riêng tỉnh Phú Yên, ba loại cây công nghiệp là hồ tiêu, cao su và cà phê đều bị thiệt hại nặng. Như cây cao su, 4.000 ha thì hơn một nửa bị ngã đổ do bão.
Khác với cây ngắn ngày, các loại cây công nghiệp có vốn đầu tư lớn, thời gian đầu tư lâu năm nên một khi thiệt hại do bão cũng đồng nghĩa nông dân rơi vào cảnh trắng tay. Bên cạnh rà soát mức độ thiệt hại để có giải pháp tháo gỡ khó khăn tài chính của các nông hộ sau bão, các chuyên gia về trồng trọt cũng khuyến cáo những biện pháp cấp bách mà nông dân phải triển khai để giữ lấy những vườn cây công nghiệp còn lại.
Hiện tại, cùng với thu dọn những vườn cây bị đổ ngã, nhiều nông dân đã tính đến phương án trồng thay thế các loại cây trồng khác. Nhưng đây là điều không hề đơn giản khi nông dân gần như đã cạn kiệt nguồn vốn, trong khi nguồn cây giống theo dự báo sẽ khó tránh khỏi cơn sốt giá sau bão.