Do quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế, nhiều diện tích nông nghiệp trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh đã được chuyển đổi mục đích sử dụng để phục vụ sự phát triển KT-XH. Diện tích đất nông nghiệp của tỉnh đã giảm đáng kể, từ hơn 52.600 ha năm 2005, hiện chỉ còn hơn 42.000 ha. Mặc dù diện tích đất canh tác giảm mạnh, các trạm bơm lớn được nâng cấp, bao phủ mạng lưới phuc vụ trên diện rộng, nhưng các trạm bơm cục bộ cơ bản vẫn giữ nguyên gần 700 trạm (Qua rà soát có gần 100 trạm bơm hiện có thể xóa bỏ; không ít trạm bơm hoạt động cầm chừng, không phát huy hết công suất), gây lãng phí chi phí vận hành, trong khi hiệu quả phục vụ sản xuất không cao. Cụ thể, đối với Công ty TNHH một thành viên khai thác công trình thủy lợi Bắc Đuống: Từ cuối năm 2019, đơn vị được giao tiếp nhận 378 trạm bơm cục bộ, cùng với các trạm bơm lớn khác, thực hiện tưới cho hơn 48.000 ha, tiêu hơn 53.000 ha diện tích nông nghiệp của 4 địa phương (huyện Yên Phong, Tiên Du, thành phố Bắc Ninh và Từ Sơn). Do diện tích nông nghiệp giảm mạnh, nên 3 trạm bơm đã dừng hoạt động, 6 trạm đang xin thủ tục dừng hoạt động. Cùng với đó là 17 trạm hoạt động cầm chừng, 65 trạm có diện tích phục vụ giảm nhiều so với công suất thiết kế ban đầu. Dự kiến đến 2023, khi Công ty hoàn thiện hệ thống sửa chữa lớn sẽ giảm ít nhất 39 trạm bơm. Tương tự, Công ty TNHH một thành viên khai thác công trình thủy lợi Nam Đuống đang quản lý vận hành hơn 300 trạm bơm cục bộ và 37 trạm bơm lớn. Tổng diện tích đảm nhận tưới tiêu là hơn 18.100 ha lúa, hoa màu và thủy sản; so với năm 2018, giảm hơn 2.000ha; dự kiến đến năm 2023 tiếp tục giảm còn 17.600ha. Đa số các trạm bơm cục bộ do Công ty quản lý được xây dựng trong giai đoạn 1985-2000, nên khi tiếp nhận đã trong tình trạng xuống cấp. Do đó, để đảm bảo hiệu quả phục vụ tưới tiêu là khá khó khăn. Để khắc phục, hỗ trợ công tác quản lý, công ty đã chủ động rà soát, đề xuất xóa bỏ 42 trạm bơm, trong đó 11 trạm có thể xóa bỏ ngay. Ví như, để xóa bỏ Trạm bơm Phương Độ (xã Bình Dương, huyện Gia Bình), Công ty đã đầu tư hệ thống kênh dẫn nối trạm bơm này với trạm bơm Vạn Ninh; công suất vẫn đảm bảo phục vụ diện tích cả 2 công trình đảm nhận. Đưa vào vận hành trạm bơm tưới Vạn Ninh để dừng hoạt động 7 trạm bơm cục bộ thuộc địa phận xã Cao Đức, huyện Gia Bình. Trước thực trạng trên, đòi hỏi các ngành, đơn vị chức năng phải rà soát, đánh giá, điều chỉnh các trạm bơm cục bộ cho phù hợp, đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ và định hướng phát triển nông nghiệp của tỉnh theo hướng hiệu quả, bền vững. Việc quy hoạch lại hệ thống công trình thủy lợi cần được các ngành nghiên cứu kỹ lưỡng, mang tính chiến lược lâu dài. Qua đó tạo điều kiện để áp dụng cơ giới hóa vào sản xuất, phục vụ hiệu quả công tác sản xuất nông nghiệp; tiếp tục khẳng định dù chiếm tỉ trọng nhỏ trong cơ cấu kinh tế; nhưng nông nghiệp vẫn là nhân tố quan trọng, bảo đảm cho sự phát triển bền vững của tỉnh.