Chủ tọa phiên tòa là ông Nguyễn Phi Long, Phó Chánh tòa Hình sự TAND TP.HCM; ông Nguyễn Hồng Minh, đại diện VKSND thành phố thực hành quyền công tố theo ủy quyền của VKSND Tối cao. Luật sư Trần Vũ Hải, thuộc Đoàn luật sư Hà Nội tham gia bào chữa cho bị cáo Hoàng. Tham dự phiên tòa còn có đại diện nhiều cơ quan ngoại giao, các hãng thông tấn báo chí trong và ngoài nước, nhân chứng vụ án.
Tòa cũng triệu tập bà Lê Thị Kiều Oanh (vợ bị cáo Hoàng) và ông Nguyễn Thanh Hùng vốn là đồng phạm của Hoàng trong vụ án, nhưng do mới phạm tội lần đầu, có thái độ khai báo thành khẩn nên cơ quan tố tụng đã không xử lý hình sự.
Theo cáo trạng của VKSND Tối cao, Phạm Minh Hoàng sinh năm 1955 tại Vũng Tàu, Việt Nam. Năm 1973, Hoàng sang Pháp du học và tốt nghiệp ngành khoa học ứng dụng với học vị Thạc sĩ. Bị các đối tượng Nguyễn Thị Thanh Vân, Nguyễn Ngọc Đức, vốn là lực lượng cốt cán của tổ chức khủng bố “Việt Tân” lôi kéo, năm 1998 Hoàng đã gia nhập tổ chức phản động lưu vong này và sinh hoạt tại Chi bộ Paris 3. Năm 2000, thực hiện chỉ đạo của Việt Tân, Hoàng hồi hương và làm giảng viên hợp đồng ngành khoa học ứng dụng tại Đại học Bách khoa TP.HCM.
Tại đây, từ tháng 7/2002 - 5/2010, dưới bút danh “Phan Kiến Quốc”, Phạm Minh Hoàng đã viết nhiều bài trong đó có 33 bài có nội dung xuyên tạc đường lối, chính sách của Đảng, Nhà nước rồi gửi cho “Việt Tân” để đăng và phát tán trên mạng internet nhằm tuyên truyền, lôi kéo, kích động, tập hợp lực lượng hoạt động nhằm lật đổ chế độ, Đảng cộng sản và chính quyền nhân dân.
Từ ngày 26/11/2009 - 29/11/2009, Hoàng cùng vợ và Nguyễn Thanh Hùng qua Malaysia tham dự lớp tập huấn đấu tranh “bất bạo động” do Nguyễn Ngọc Đức, Nguyễn Quốc Quân, Nguyễn Thị Thanh Vân là các thành viên của “Việt Tân” tổ chức và giảng dạy. Nội dung khóa học là hướng dẫn kỹ năng bảo mật thông tin, tài liệu khi trao đổi qua internet, thảo luận phương pháp “đấu tranh bất bạo động”, xem một số phim về các cuộc đấu tranh bất bạo động để vận dụng vào Việt Nam. Sau đó, từ 29/12/2009 - 9/5/2010, Hoàng cùng em trai là Phạm Duy Khánh cùng hai Việt kiều khác là Jolie Trang Huỳnh và Huỳnh Châu tổ chức 2 khóa cho 43 sinh viên, thanh niên, nữ tu học lớp “kỹ năng phần mềm” để tuyên truyền, lôi kéo, tập hợp lực lượng cho “Việt Tân”.
Tại cơ quan điều tra cũng như tại phiên tòa, Hoàng đã khai báo thành khẩn, thừa nhận về hành vi phạm tội của mình, xin được pháp luật khoan hồng để sớm trở về phụng dưỡng bố mẹ già và làm tròn bổn phận của một người cha, người chồng. Quá trình điều tra, chính Hoàng là người tự nộp lại cho Cơ quan điều tra 33 bài viết của mình.
Bà Lê Thị Kiều Oanh cùng ông Nguyễn Thanh Hùng đều thừa nhận, nếu biết việc tham gia các khóa học nói trên ở Malaysia cũng như ở Việt Nam là để xây dựng lực lương cho “Việt Tân” thì sẽ không bao giờ làm, bản thân đã bị tổ chức này lợi dụng mà không hề hay biết.
Bào chữa cho bị cáo Hoàng, luật sư Trần Vũ Hải cho rằng, Hoàng về nước và tổ chức khóa học “kỹ năng phần mềm” là tự thân, không phải do Việt Tân chỉ đạo; các bài viết của Hoàng cũng không phải “nhận lệnh” từ tổ chức này và đã bị lợi dụng để phát tán lên mạng.
Quan điểm trên đã bị HĐXX bác bỏ. Theo HĐXX, qua các tài liệu thu thập được, đối chiếu các nhân chứng cũng như kết quả thẩm vấn công khai tại tòa, có đủ cơ sở chứng minh Phạm Minh Hoàng phạm tội “hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân”. Là thành viên của “Việt Tân”, Hoàng thường xuyên liên lạc cũng như biết rõ kế hoạch hành động của tổ chức này là xóa bỏ sự lãnh đạo của Đảng cộng sản Việt Nam, lật đổ chính quyền nhân dân bằng nhiều phương thức trong đó phương thức “bất bạo động”, “diễn biến hòa bình”.
Hành vi phạm tội của bị cáo Hoàng là đặc biệt nghiêm trọng, xâm phạm đến an ninh quốc gia. Việc truy tố và xét xử Hoàng về tội danh này là đúng người, đúng tội. Tòa tuyên phạt Phạm Minh Hoàng mức án 3 năm tù cùng 3 năm quản chế tại địa phương.
Trong vụ án này, các đối tượng Nguyễn Thị Thanh Vân, Nguyễn Ngọc Đức, Phạm Duy Khánh do đang sống ở nước ngoài, khi nào bắt được sẽ xử lý sau.