Tuy hiện nay, Bộ Y tế chưa khyến cáo toàn dân mang khẩu trang để phòng chống cúm AH1N1 nhưng theo các chuyên gia y tế, khẩu trang có hiệu quả ngăn ngừa sự xâm nhập của virút. Sự xâm nhập của virút còn tùy thuộc vào kích thước của chúng và màng lọc khẩu trang.
Tuy nhiên, mọi loại khẩu trang đều có tác dụng nhưng ở mức độ khác nhau. Nếu đi ngoài đường, bạn chỉ cần đeo khẩu trang bình thường. Còn nếu tiếp xúc với người bị cúm thì đeo khẩu trang y tế (khẩu trang ngoại khoa). Trong trường hợp tiếp xúc rất gần với bệnh nhân cúm (như nhân viên y tế) thì mới cần phải đeo khẩu trang N96. Đây là loại khẩu trang ngăn chặn được 96% vi khuẩn và bụi khuếch tán trong không khí.
Khẩu trang than hoạt tính cũng là loại khẩu trang được lựa chọn vì nó tốt hơn khẩu trang thường nhưng không bằng khẩu trang y tế. Khi có dấu hiệu của cảm cúm, trước mắt, bạn nên đeo khẩu trang để tránh nguy cơ ho và hắt hơi bắn giọt nước bọt có mầm bệnh ra xung quanh và lây cho người khác. Đối với những người đã xác định hay khả nghi nhiễm virút H1N1 (có triệu chứng cúm) thì việc đeo khẩu trang là cần thiết để giảm bớt sự phóng thích nguồn virút ra ngoài. Khẩu trang thích hợp nhất là loại N95, ngoài ra một loại khẩu trang y tế thông thường cũng có thể chấp nhận được, bởi vì ngay cả khẩu trang N95 thì kích thước của các khe hở mà chúng ta không nhìn thấy đó cũng vẫn lớn hơn nhiều so với kích thước virút A/H1N. Nhân viên y tế chăm sóc bệnh nhân cúm cũng cần đeo khẩu trang để giảm nguy cơ lây lan.