Thời điểm này, những bệnh viện tuyến cuối như Viện Các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia ngày càng quá tải. Tình hình dịch trở nên phức tạp bởi đã ở mức độ lây lan ra cộng đồng, thêm nữa là vấn đề sử dụng text thử nhanh cúm vẫn để lọt bệnh nhân dương tính.
Với 200 đến 300 trường hợp đến khám, sàng lọc cúm mỗi ngày, Viện Các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia luôn chật cứng, thậm chí cả buổi tối. Theo con số thống kê của viện những ngày cuối tháng 9, số bệnh nhân đến khám và làm xét nghiệm tăng gấp 10 lần so với những ngày đầu tháng. Viện đã cải tạo, bố trí thêm ghế cả bên ngoài như thế này mà vẫn không đủ chỗ cho bệnh nhân và người nhà chờ đợi để khám.
Sự gia tăng bệnh nhân cúm A/H1N1 và các bệnh truyền nhiễm khác cùng những bệnh nhân nặng tuyến dưới chuyển lên làm tình trạng quá tải càng trầm trọng. Với cơ số giường bệnh kế hoạch là 200 nhưng viện thường xuyên phải điều trị hơn 600 bệnh nhân, vì thế không hiếm tình huống 4 người bệnh chung 1 giường. Đấy là viện chỉ tiếp nhận được 30 đến 40 ca nhập viện mỗi ngày, còn lại phải liên kết với các bệnh viện vệ tinh của Hà Nội phối hợp trong điều trị.
Hiện diễn biến của ca bệnh có chiều hướng phức tạp hơn, nhưng không phải trường hợp cúm A nào cũng phải nhập viện trừ những đối tượng có nguy cơ cao. Khi đến viện khám, bác sĩ dựa trên bệnh cảnh lâm sàng để chỉ định cho bệnh nhân làm xét nghiệm thử nhanh, hoặc lấy máu để làm xét nghiệm PCR.
Xét nghiệm nhanh tức là kiểm tra xác định cúm nhanh bằng que thử nước bọt. Trong khi virus cúm có 15 kháng nguyên H và 9 kháng nguyên N, các virut kết hợp thành các chủng khác nhau gây bệnh với các nhóm cúm A, B, C. Nhóm cúm A lại có một số loại, trong đó có H1N1. Text nhanh không xác định H1N1 mà chỉ định ra các nhóm virut cúm A hoặc B. Qua thời gian áp dụng thì phương pháp đã thể hiện hạn chế ở chỗ có thể cho kết quả âm tính giả vì độ nhạy không cao. Cũng vì thế Tổ chức y tế đã khuyến cáo không nên sử dụng text thử nhanh bởi thời gian qua đã để lọt khoảng 35 đến 40% bệnh nhân cúm A. Tuy vậy, trên thực tế thì không thể chỉ định tất cả các ca nghi nhiễm cúm đều làm xét nghiệm PCR bởi giá thành quá cao.
Như vậy, text nhanh không để chẩn đoán mà chỉ để sàng lọc bớt các trường hợp mắc cúm B, cúm C, giúp họ khỏi phải làm xét nghiệm PCR, bớt chi phí tốn kém. Nhưng trước tỷ lệ xét nghiệm PCR dương tính trong tháng 9 tại Viện Các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia tăng tới 90%, trước tình trạng dịch đã ở mức độ lây lan ra cộng đồng, những thách thức trong thời gian tới là rất lớn khi số người mắc cúm A/H1N1 ngày càng tăng nhanh.