Kết quả kiểm toán 5 chuyên đề đã được công bố gồm: Chương trình tín dụng ưu đãi học sinh sinh viên 2007-2009; phát hành, quản lý sử dụng vốn trái phiếu chính phủ 2006-2009; sử dụng kinh phí hoạt động kiểm tra nhà nước các mặt hàng cá, hải sản và chế biến thủy sản; Công tác quản lý thu thuế của Hải quan và Tổng cục thuế 2008-2009; Hỗ trợ lãi suất cho vay vốn ngân hàng sản xuất kinh doanh 2009. Cả 5 lĩnh vực qua kiểm toán đều có kiến nghị xử lý thu hồi tài chính.
Năm 2010, với 136 đầu mối chủ yếu là nguồn ngân sách nhà nước và ODA, Kiểm toán đã kiến nghị xử lý trên 17.000 tỷ đồng, phát hiện hơn 40 văn bản không phù hợp với quy định của nhà nước.
Năm 2011, Kiểm toán Nhà nước sẽ tiếp tục nâng cao chất lượng và tăng cường quản lý đạo đức nghề nghiệp kiểm toán viên, cũng trong năm, Kiểm toán Nhà nước sẽ tập trung kiểm toán 151 đầu mối, trong đó có dự án lọc dầu số 1 Dung Quất, dự án cầu Cần Thơ, các tập đoàn Công nghiệp tàu thủy Vinashin, Điện lực Việt Nam, Công nghiệp than khoáng sản Việt Nam, Liên doanh dầu khí Vietsopetro và 34 tỉnh, thành phố.