Với việc có được vị trí dẫn đầu tại bảng đấu của mình, 2 đại diện tới từ giải Ngoại hạng Anh là Man Utd và Arsenal đều được xếp vào nhóm hạt giống trong số 32 đội góp mặt ở vòng 1/16. Cũng ở trong nhóm hạt giống còn có những cái tên đáng chú ý khác như Celtic, Porto, Sevilla, cùng với đó là các đội bóng phải xuống chơi từ Champions League như Inter Milan, Ajax hay Salzburg.
Ở nhóm không được xếp hạng hạt giống có sự góp mặt của đại diện nước Anh còn lại là Wolverhampton, cùng với đó là Leverkusen, AS Roma, Sporting Lisbon hay Wolfsburg.
Lễ bốc thăm chia cặp vòng 1/16 Europa League sẽ diễn ra vào ngày 16/12 tại Nyon, Thụy Sĩ.