Ở vòng 12 V.League 2020 trong trận tiếp đón DNH Nam Định, sau pha va chạm với trung vệ Thiago Melo ở phút 53, Công Phượng đã buộc phải rời sân. Ban đầu, thông tin về chấn thương của Công Phượng được giữ kín vì lý do chiến thuật.
Mới đây, CLB TP Hồ Chí Minh đã xác nhận Công Phượng bị gãy xương ngón chân và dự kiến phải cần từ 6-8 tuần để hồi phục. Như vậy, Công Phượng rất khó ra sân thi đấu cho CLB TP Hồ Chí Minh ở phần còn lại của V.League 2020.
Công Phượng đang thi đấu rất thành công trong màu áo CLB TP Hồ Chí Minh
Ở mùa giải năm nay, Công Phượng đang thi đấu hết sức xuất sắc trong màu áo CLB TP Hồ Chí Minh với 6 pha lập công và 3 đường kiến tạo chỉ tính riêng tại đấu trường V.League. Hiện tại, anh đang dẫn đầu danh sách vua phá lưới nội ở giải đấu cao nhất Việt Nam. Việc thiếu vắng Công Phượng sẽ là tổn thất rất lớn với CLB TP Hồ Chí Minh trong giai đoạn còn lại của giải đấu.