Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, khi dịch COVID-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ đã chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước để phòng, chống dịch. Chính phủ đã giao cho Văn phòng Chính phủ, Tổ công tác của một số bộ, ngành, địa phương thực hiện quy trình cấp phép chuyến bay và cho chủ trương cách ly.
Thực hiện chủ trương này, trong quá trình cấp phép các chuyến bay, phê duyệt cách ly tại địa phương và giải quyết vụ án, từ tháng 9/2020 đến tháng 12/2022, có 25 cá nhân đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, nhiệm vụ được giao để nhận hối lộ tổng cộng gần 165 tỷ đồng và lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, gây thiệt hại hơn 10 tỷ đồng. Trong vụ án này, Viện Kiểm sát xác định 23 cá nhân là đại diện các doanh nghiệp đã đưa hối lộ hơn 226 tỷ đồng, 4 cá nhân môi giới hối lộ hơn 74 tỷ đồng và lừa đảo chiếm đoạt số tiền gần 25 tỷ đồng.
Cụ thể, Bộ Ngoại giao đã phân công đơn vị, cá nhân thực hiện việc tham mưu cấp phép các chuyến bay theo quy trình: Tại nước ngoài, các cơ quan đại diện ngoại giao của Việt Nam tập hợp công dân Việt Nam có nhu cầu đăng ký về nước báo cáo về Phòng Bảo hộ công dân ở trong nước để lập kế hoạch tổ chức đón về; hỗ trợ công dân ở nước ngoài về thông tin, thủ tục mua vé máy bay về nước, làm thủ tục xuất cảnh tại nước sở tại. Ở trong nước, Phòng Bảo hộ công dân thuộc Cục Lãnh sự do Lưu Tuấn Dũng làm Phó Trưởng phòng là đầu mối tiếp nhận báo cáo của các Cơ quan đại diện ngoại giao của Việt Nam ở nước ngoài và tiếp nhận hồ sơ xin tổ chức chuyến bay của cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp. Sau đó tập hợp, dự thảo kế hoạch tổ chức các chuyến bay giải cứu theo tháng, quý trình lãnh đạo Cục Lãnh sự duyệt để trình Tô Anh Dũng (cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao) ký văn bản gửi Tổ công tác 4 Bộ liên quan.
Trên cơ sở ý kiến của các Bộ, ngành, Bộ Ngoại giao tập hợp trình Chính phủ phê duyệt. Từ tháng 4/2020 đến tháng 1/2022, Cục Lãnh sự Bộ Ngoại giao đã tập hợp, đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt tổ chức thực hiện 772 chuyến bay đưa công dân về nước bao gồm 400 chuyến bay giải cứu, 372 chuyến bay Combo.
Quá trình được giao thực hiện nhiệm vụ trên, bị cáo Tô Anh Dũng được phân công phụ trách, chỉ đạo Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao. Cục Lãnh sự là đầu mối tiếp nhận hồ sơ từ các doanh nghiệp tham gia thực hiện chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước trong thời gian dịch COVID-19, ký văn bản xin ý kiến 4 Bộ (Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Bộ Y tế, Bộ Giao thông Vận tải) và ký đề xuất gửi Lãnh đạo Chính phủ phê duyệt kế hoạch đưa công dân về nước.
Biết được vai trò của Tô Anh Dũng, từ tháng 5/2020 đến tháng 1/2022, 13 cá nhân đại diện doanh nghiệp đã tiếp cận, đặt vấn đề nhờ Tô Anh Dũng giải quyết cấp phép chuyến bay và được Tô Anh Dũng đồng ý.
Viện Kiểm sát xác định, quá trình cấp phép các chuyến bay cho các doanh nghiệp, từ tháng 12/2020 đến tháng 1/2022, bị cáo Tô Anh Dũng đã nhận hối lộ 37 lần của 13 doanh nghiệp với tổng số 21,5 tỷ đồng. Quá trình điều tra vụ án, Tô Anh Dũng và gia đình đã tự nguyện nộp 2 tỷ đồng cho Cơ quan điều tra để khắc phục hậu quả vụ án.