Từng có thời điểm, môn bóng đá nam của SEA Games là nơi các đội tuyển quốc gia trong khu vực tranh tài với nhau. Với bóng đá Việt Nam, Ở 3 kì SEA Games 18, 19 và 20 chính là giai đoạn người hâm mộ Bóng đá nước nhà được trải nghiệm những phút giây tuyệt vời cùng lứa cầu thủ Huỳnh Đức, Minh Chiến, Hồng Sơn, Công Minh hay nhiều cầu thủ khác nữa… Và cũng như các đồng đội ngày nào, cựu danh thủ Trần Công Minh luôn cảm thấy bồi hồi khi nhắc lại những kỉ niệm năm ấy.
SEA Games 18 năm 1995 tổ chức tại Chiengmai Thái Lan là kỳ đại hội thứ 4 liên tiếp bóng đá Việt Nam góp mặt. Đó cũng là kì đại hội đầu tiên trong sự nghiệp của cựu danh thủ Trần Công Minh.
Cũng tại SEA Games 18, ĐT Việt Nam đã tiến thẳng vào trận chung kết nhưng lại để thua trước ĐT Thái Lan nên đành chấp
nhận HCB.
2 năm sau, hậu vệ cánh phải Trần Công Minh tiếp tục cùng ĐTQG góp mặt ở SEA Games 19 tổ chức tại Jakatar - Indonesia. Thêm một chiếc HCĐ được các cầu thủ "thế hệ vàng" mang về cho đoàn thể thao Việt Nam. Đến SEA Games 20 năm 1999 tổ chức tại Brunei - Darusalem, cựu danh thủ Trần Công Minh cùng các đồng đội có cơ hội tranh tấm HCV Đại hội. Đáng tiếc, ĐT Việt Nam một lần nữa để thua trước ĐT Thái Lan ở trận chung kết.
3 lần tham dự SEA Games nhưng chưa thể giúp bóng đá Việt Nam giành HCV bóng đá nam. Với nhiều người, đó là một sự tiếc nuối rất lớn nhưng với Trần Công Minh, ông có quyền hài lòng khi mà ông đã cùng các đồng đội đã nỗ lực hết mình trong từng trận đấu.