Theo danh sách trước đó, đoàn Thể thao Việt Nam (TTVN) tham dự SEA Games 29 tại Malaysia gồm 693 người, trong đó có 1 Trưởng đoàn, 10 Phó trưởng đoàn, 32 lãnh đội, 106 HLV, 28 chuyên gia, 22 bác sĩ, 18 cán bộ đoàn và 476 VĐV.
Ngày 6/7, Bộ trưởng Nguyễn Ngọc Thiện đã có cuộc làm việc về việc tổ chức đoàn TTVN tham dự các Đại hội thể thao quốc tế, với sự tham dự của Thứ trưởng Lê Khánh Hải, lãnh đạo Tổng cục TDTT và văn phòng Bộ. Trong thông báo kết luận của Bộ trưởng Nguyễn Ngọc Thiện, Tổng cục TDTT được yêu cầu rà soát lại cơ cấu, thành phần đoàn TTVN tại SEA Games 29, báo cáo Bộ trưởng.
Phó Tổng cục trưởng Tổng cục TDTT kiêm Trưởng đoàn TTVN tại SEA Games 29 Trần Đức Phấn cho biết, BTC quy định mỗi đoàn chỉ được đăng ký 1 chức danh Trưởng đoàn và 2 Phó đoàn. Số lượng Phó đoàn còn lại vì vậy chỉ có tính chất nội bộ.
Theo chỉ đạo của Bộ trưởng Nguyễn Ngọc Thiện tối 6/7, đoàn TTVN tham dự SEA Games 29 sẽ cắt số lượng Phó đoàn xuống 2 người, đúng với quy định của BTC Đại hội. 8 người còn lại sẽ đi với tư cách cán bộ đoàn.