Theo thông báo mới nhất của BTC SEA Games 29, nguyên tắc bốc thăm và xếp lịch thi đấu môn bóng đá (nam, nữ) và futsal (nam, nữ) sẽ có sự thay đổi so với thông lệ. Cụ thể, ở môn bóng đá nam, 2 đội hạt giống số 1 là Thái Lan (HCV SEA Games 28) và Myanmar (HCB SEA Games 28) sẽ được chia vào 2 bảng lần lượt với mã số A1 và B1. Ngoại trừ chủ nhà Malaysia, 8 đội còn lại sẽ được bốc thăm ngẫu nhiên vào các mã số A2, B2, A3, B3, A4, B4. Do sẽ có 1 bảng 5 đội và bảng còn lại 6 đội (tổng cộng 11 đội tham dự) nên kết thúc lượt bốc thăm thứ 4, chủ nhà Malaysia sẽ được quyền chọn bảng đấu mà không qua bốc thăm. Nguyên tắc này cũng được áp dụng ở nội dung bóng đá nữ và futsal nam, nữ khi chủ nhà Malaysia được ưu tiên chọn bảng đấu sau khi các đội bốc thăm.
Đây là nguyên tắc bốc thăm lần đầu tiên được áp dụng tại SEA Games và không theo thông lệ quốc tế đang được áp dụng tại các giải thi đấu bóng đá (đội chủ nhà được quyền chọn mã số ưu tiên để thi đấu trận khai mạc, sau đó các đội căn cứ vào thứ hạng được chia vào các cặp để bốc thăm vào các bảng đấu). Vì vậy, với nguyên tắc bốc thăm do chủ nhà Malaysia đưa ra như trên, LĐBĐVN nhận thấy thiếu sự khách quan và không đảm bảo cân bằng về chuyên môn giữa các bảng đấu.
Để đảm bảo tính khách quan, công bằng cũng như bảo vệ quyền lợi cho các đội tuyển bóng đá và futsal của Việt Nam khi tham gia thi đấu tại SEA Games 29, LĐBĐVN đã đề nghị Tổng cục TDTT, Ủy ban Olympic Việt Nam và Đoàn Thể thao Việt Nam xem xét và kiến nghị về vấn đề này trong các cuộc họp sắp tới với BTC SEA Games 29 cũng như trong Hội nghị trưởng đoàn các nước tham dự SEA Games 29.
Về phía LĐBĐVN cũng sẽ có ý kiến chính thức về nguyên tắc bốc thăm môn bóng đá nam, nữ và futsal nam, nữ SEA Games 29 để nhận được sự đồng thuận của LĐBĐ Đông Nam Á và Liên đoàn bóng đá các quốc gia thành viên trong khu vực tại cuộc họp Hội đồng LĐBĐ Đông Nam Á, tổ chức tại Nha Trang vào ngày 1/7 tới.