Tham dự VCK U16 châu Á 2018 có tổng cộng 16 đội tuyển gồm: Chủ nhà Malaysia, 10 đội nhất bảng tại vòng loại: Jordan (bảng A), Tajikistan (bảng B), Iran (bảng C), Iraq (bảng D), Yemen (bảng E), CHDCND Triều Tiên (bảng F), Indonesia (bảng G), Hàn Quốc (bảng H), Australia (bảng I), Nhật Bản (bảng J) và 5 đội thứ nhì có thành tích tốt nhất tại vòng loại: Ân Độ, Oman, Thái Lan, Việt Nam và Afghanistan (do chủ nhà Malaysia được vào thẳng VCK và nằm trong tốp 5 đội thứ nhì có thành tích tốt nhất tại vòng loại nên đội xếp thứ 6 trong số các đội nhì bảng là Afghanistan được quyền tham dự VCK).
16 đội tuyển sẽ được bốc thăm chia vào 4 bảng, mỗi bảng 4 đội, thi đấu vòng tròn 1 lượt tại mỗi bảng để tính điểm xếp hạng. 2 đội nhất và nhì tại mỗi bảng sẽ giành quyền vào thi đấu tại Tứ kết.
4 đội thắng tại Tứ kết sẽ vào Bán kết đồng thời giành vé tham dự VCK FIFA U17 World Cup Peru 2019 (châu Á có 4 suất tham dự VCK FIFA U17 World Cup). 2 đội thắng tại Bán kết sẽ vào Chung kết tranh ngôi vô địch.
Nguyên tắc bốc thăm:
- Chủ nhà Malaysia thuộc nhóm hạt giống số 1, mặc định ở vị trí A1 (mã số 1 tại bảng A). Cùng nhóm 1 với Malaysia là Iraq, Iran và CHDCND Triều Tiên.
- Nhóm hạt giống số 2 gồm các đội có thứ hạng (rangking) từ 5 đến 8: Nhật Bản, Oman, Việt Nam, Hàn Quốc.
- Nhóm hạt giống số 3 gồm các đội có thứ hạng từ 9 đến 12: Yemen, Ấn Độ, Thái Lan, Australia.
- Nhóm hạt giống số 4 gồm các đội có thứ hạng từ 13 đến 16: Tajikistan, Jordan, Afghanistan, Indonesia.
- BTC sẽ điền tên các đội thuộc 4 nhóm hạt giống nói trên vào các lá thăm và sắp xếp vào 4 bình bốc thăm tương ứng là POT1, POT1, POT3 và POT4. Tiến trình bốc thăm sẽ thực hiện theo thứ tự: POT4 rồi đến POT3, POT2 và cuối cùng là POT1.
+ Bốc thăm POT4: Lá thăm đầu tiên sẽ thuộc về vị trí A4, tiếp theo lần lượt là các vị trí B4, C4 và D4
+ POT3: Lá thăm đầu tiên sẽ thuộc về vị trí A3, tiếp theo lần lượt là các vị trí B3, C3 và D3
+ POT2: Lá thăm đầu tiên sẽ thuộc về vị trí A2, tiếp theo lần lượt là các vị trí B2, C2 và D2
+ POT1: Chủ nhà Malaysia mặc định ở A1 nên 3 lá thăm còn lại của POT này sẽ xác định cho các vị trí B1, C1 và D1.