Sự cố đầu tiên của trọng tài Kiên chính là việc ông bị khán giả Đồng Tháp quây trên sân Cao Lãnh ở vòng 15 V.League 2011 do những quyết định gây tranh cãi. Nếu không có sự hộ tống của lực lượng an ninh và những lời khuyên của BHL Đồng Tháp khi đó, CĐV Đồng Tháp đã quyết "ăn thua đủ" với trọng tài này.
Chưa dừng lại ở đó, trong trận đấu giữa CLB Hà Nội – CL TP Hồ Chí Minh ở vòng 8 giải hạng Nhất 2011, trọng tài Kiên được chỉ định bắt chính. Đây là trận đấu mà ông Kiên bị tố có những quyết định có lợi cho Hà Nội. Đỉnh điểm là công nhận bàn thắng thứ 3 của đội bóng thủ đô dù trước đó tiền đạo của họ đã phạm lỗi đẩy sau với hậu vệ TP.HCM.
Sau trận đấu giữa CLB Hà Nội và TPHCM, trọng tài Nguyễn Văn Kiên đã tố cáo bị cầu thủ Ngọc Tùng (TPHCM) nhiều lần đe dọa lấy tính mạng. Kết quả là Ngọc Tùng bị tuyên phạt treo giò đến hết mùa giải nhưng sau đó được giảm án xuống còn treo giò 8 trận.
Tiếp đó tại vòng 18 V.League 2011, trong trận đấu giữa CLB Hà Nội và Navibak Sài Gòn, trọng tài Kiên từng công nhận bàn thắng không hợp lệ của Thành Lương trong trận đấu giữa Hà Nội và Navibank Sài Gòn.
Bẻ còi trong trận đấu giữa Khánh Hòa và Ninh Bình
Vòng 16 V.League 2012, các cầu thủ Ninh Bình có bàn thắng ở phút 90+3 do công của Moussa. Bị thủng lưới, chủ nhà Khánh Hòa lao ra chỗ trợ lý trọng tài Đắc Chiến phản ứng khi cho rằng Moussa đã ghi bàn trong tư thế việt vị. Trước đó, trọng tài Đắc Chiến đã không hề phất cờ.
Trọng tài Kiên sau đó hội ý với trợ lý Đắc Chiến và quyết định không công nhận bàn thắng của Ninh Bình.
Bị cầu thủ đuổi đánh trên sân Chi Lăng
Mùa giải 2013, trọng tài Nguyễn Văn Kiên suýt chút nữa là nạn nhân trong cuộc hỗn loạn trên sân Chi Lăng giữa SHB Đà Nẵng và Sài Gòn Xuân Thành.
Các cầu thủ đội khách và cả HLV Trần Tiến Đại đã lao tới phản ứng quyết liệt với trọng tài Nguyễn Văn Kiên, thậm chí đòi "tẩn" luôn ông "Vua áo đen" này ngay trên sân sau những tình huống thổi còi không chính xác.
Sự cố này diễn ra chỉ ít ngày sau khi trọng tài Kiên bị tố thổi thiên vị cho Hà Nội T&T trước HAGL. Sau trận đấu trên sân Chi Lăng, Tổng giám đốc VPF khi ấy là ông Phạm Ngọc Viễn đã đề cập đến khả năng sẽ không sử dụng trọng tài Kiên nữa.
Bị tố xử ép CLB TP Hồ Chí Minh trên sân Lạch Tray
Năm 2017, trọng tài Kiên cũng là nguồn cơn dẫn tới tuyên bố gây sốc của quyền Chủ tịch CLB TP.HCM Lê Công Vinh, rằng "Sẵn sàng kêu gọi tài trợ để thuê trọng tài ngoại điều khiển V.League và thuê người điều hành V.League...".
Khi đó, Lê Công Vinh tố trọng tài Nguyễn Văn Kiên thổi ép khi không thổi phạt đền tình huống Da Sylva bị phạm lỗi ở phút 82 trận Hải Phòng - TP.HCM ở vòng 21 V.League. Và do mải tranh cãi, các cầu thủ TPHCM để Hải Phòng phản công ghi bàn thắng ấn định tỷ số 4-1.