Xuất phát từ nền giáo dục Colombia, mô hình trường học mới VNEN có nhiều điểm khác biệt với phương pháp giáo dục thông thường: từ cách sắp xếp chỗ ngồi để học sinh làm việc nhóm, học sinh không có bài tập về nhà mà chủ động chuẩn bị bài vở cho giờ học mới…
Được áp dụng tại Việt Nam từ vài năm gần đây, mô hình này đã vấp phải phản đối gay gắt từ phía phụ huynh học sinh. Một số tỉnh như: Hà Tĩnh, Hải Phòng, Thái Bình đã phải chấm dứt chương trình này.
Tuy nhiên, ở TP.HCM, địa phương đi đầu trong đổi mới giáo dục của cả nước,thì trong năm học 2017-2018 này, ngành giáo dục TP.HCM xác định: vẫn duy trì mô hình trường học mới VNEN ở các trường có đủ điều kiện.
Hiện tại, TP.HCM có 59 trường đang theo mô hình VNEN. Lãnh đạo ngành giáo dục TP.HCM cho rằng: vẫn cần ghi nhận các ưu điểm tích cực của mô hình trường học mới như tăng tính chủ động của học sinh, tạo không gian tiếp nhận kiến thức sôi nổi. Tuy nhiên, việc áp dụng VNEN cần linh động, tránh áp đặt, và chỉ áp dụng VNEN trong những điều kiện phù hợp.