Theo báo cáo kiểm toán 2012, ở một số Cục Thuế và Cục Hải quan vẫn xảy ra tình trạng hoàn thuế không đúng quy định, thu hồi hoàn thuế mà không nộp vào tài khoản, chưa tính phạt chậm nộp, cấp danh mục hàng miễn thuế sai quy định...
Cụ thể, Cục Thuế tỉnh Đồng Nai đã gia hạn thuế thu nhập doanh nghiệp không đúng đối tượng hơn 25 tỷ đồng, Cục Thuế Hà Nội gia hạn sai đối tượng 700 triệu đồng. Cục Thuế Nghệ An hoàn thuế giá trị gia tăng không đúng quy định 344 triệu đồng. Nhiều Cục Thuế đã thu hồi tiền hoàn thuế giá trị gia tăng mà không nộp vào tài khoản quỹ hoàn thuế theo quy định.
Bên cạnh đó, một loạt các đơn vị như Cục Hải quan Hà Nội, Chi Cục Quản lý hàng đầu tư TP.HCM, Chi Cục Hải quan cửa khẩu Chi Ma (Lạng Sơn), Cửa khẩu Tân Thanh, Cửa khẩu cảng Sài Gòn 1,... đã có hành vi cấp danh mục hàng miễn thuế chưa đúng quy định, xác định sai mặt hàng nhập khẩu không phải nộp thuế hoặc được thuế nhập khẩu ưu đãi.