Chùa Thầy ban đầu chỉ là một cái am nơi thiền sư Từ Đạo Hạnh trụ trì. Sau này, vua Lý Nhân Tông cho xây dựng lại gồm có chùa Cao (Đỉnh Sơn Tự) trên núi, chùa Dưới (Thiên Phúc Tự), chùa được xây dựng trên thế đất hình con rồng, chùa quay mặt về hướng nam, phía trước chùa là một sân rộng nhìn ra hồ Long Chiểu. Chùa được Nhà nước xếp loại di tích lịch sử cấp I của quốc gia, một di tích cách mạng và là công trình kiến trúc cổ có giá trị độc đáo.
Chùa Thầy có ba tòa nằm song song với nhau. Toà ngoài gọi là nhà tiền tế hay chùa Hạ. Toà giữa là trung điện hay chùa Trung, toà trong cùng là thượng điện, thờ các hóa thân của thiền sư Từ Đạo Hạnh, diễn tả ba "kiếp" của Từ Đạo Hạnh: Tăng, Phật và Đế vương. Phía sau chùa có lầu chuông, lầu trống.
‘ Nhật Tiên Kiều
Trong chùa có 3 pho tượng diễn tả 3 kiếp của Từ Đạo Hạnh, ngoài ra còn có tượng cha mẹ thiền sư. Hai bên chùa là hành lang thờ 18 vị La Hán. Nơi đây cũng lưu giữ được nhiều tượng cổ, quý, được làm từ những chất liệu đặc biệt.
‘ Một góc chùa Thầy
Dành chút thời gian đến vãn cảnh, chùa Thầy còn nhiều điểm dừng chân không nên bỏ qua như chùa Cao, hang Cắc Cớ, đền Thượng, hang Bụt Mọc, chùa Bối Am…
‘ Thuỷ Đình
Tọa lạc trong khung cảnh núi non hùng vĩ của Sài Sơn, chùa Thầy yên tĩnh, thanh bình, linh thiêng. Trải qua hàng trăm năm tồn tại, chùa Thầy vẫn là một công trình kiến trúc đẹp, luôn thu hút đông phật tử và du khách bốn phương tìm về.