3 vị Tam tổ của thiền phái Trúc Lâm là Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang đều thụ giới ở chùa Vĩnh Nghiêm, lấy nơi này làm trung tâm phật giáo thời Trần.
Một giá trị khác của chùa Vĩnh Nghiêm là bộ ván khắc kinh vẫn được gọi là Mộc thư cũng có niên đại tới 700 năm. Kho mộc thư vẫn còn lưu giữ 34 đầu sách với gần 3000 bản khắc, mỗi bản 2 mặt, mỗi mặt 2 trang sách âm bản chứa khoảng 2000 chữ Hán và chữ Nôm. Trong đó có những bản khắc đặc biệt quý như Khóa Hư Lục, Kinh Hoa Nghiêm và nhiều cuốn ghi lại kinh nghiệm chữa bệnh dân gian… Những tấm ván khắc kinh này cho người đời sau hiểu về Phật giáo, kỹ thuật khắc gỗ, nghệ thuật in sách Việt Nam.
Trải qua hơn 700, 800 năm và bao biến động thăng trầm của lịch sử, những cuốn sách cổ chùa Vĩnh Nghiêm là một giá trị độc đáo. Những nét kiến trúc đặc sắc từ thế kỷ 13, thể hiện trình độ thẩm mỹ tuyệt với của người xưa với toàn bộ cảnh chùa có độ cao thấp, sự giãn cách khác nhau, tạo ra một nhịp điệu phong phú, kéo dài theo chiều sâu, để luôn gây bất ngờ cho du khách.
Chùa Vĩnh Nghiêm thực sự là điểm dừng chân cho những du khách thập phương tìm lại sự thư thái của tâm hồn.