Trường hợp nhận tiền lương, tiền công từ hai nơi trở lên thì nộp hồ sơ quyết toán thuế tại cơ quan thuế nơi quản lý tổ chức chi trả mà cá nhân có ký hợp đồng lao động trên ba tháng và đăng ký giảm trừ gia cảnh.
Trường hợp cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba tháng đã bị khấu trừ thuế, thì nộp hồ sơ quyết toán thuế tại cơ quan thuế nơi cá nhân đó cư trú.
Nếu vừa có thu nhập từ tiền lương, tiền công, vừa có thu nhập từ kinh doanh, thì nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế là Chi cục thuế nơi cá nhân có hoạt động kinh doanh.
Nếu người nộp thuế có hoạt động kinh doanh ở nhiều nơi, thì nộp hồ sơ quyết toán thuế tại Chi cục thuế có đăng ký giảm trừ gia cảnh.
Trường hợp thuộc diện hoàn thuế, đối với cá nhân đã ủy quyền quyết toán cho tổ chức chi trả thì việc hoàn thuế cũng được thực hiện thông qua tổ chức chi trả.
Người có thu nhập từ tiền lương, tiền công thuộc diện tự làm thủ tục quyết toán thuế, nếu tính toán số thuế đã nộp trong năm lớn hơn số phải nộp thì không phải nộp hồ sơ hoàn thuế, mà chỉ cần ghi số thuế đề nghị hoàn vào tờ khai quyết toán thuế.