Dự kiến lượng hàng thông qua toàn bộ hệ thống cảng biển tại thời điểm 2015 khoảng 500-600 triệu tấn/năm; năm 2020 khoảng 900-1.100 triệu tấn/năm và tăng lên đến 2.100 triệu tấn/năm vào giai đoạn 2020.
Theo đó, trước mắt phải tập trung xây dựng một số cảng nước sâu cho tàu trọng tải lớn đạt tiêu chuẩn quốc tế. Đặc biệt là cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong-Khánh Hòa để tiếp nhận được tàu container sức chở 9.000-15.000 TEU.
Đồng thời, từ nay tới 2015 tập trung ưu tiên đầu tư các cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong; khu bến Lạch Huyện cảng cửa ngõ quốc tế Hải Phòng; khu bến của lọc hóa dầu Nghi Sơn...
Hiện nay, Việt Nam có 39 cảng biển phân bố tại các vùng miền khác nhau. Từ đặc điểm này, có thể phân định cảng biển đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 theo vùng lãnh thổ, gồm 6 nhóm.
Cụ thể, nhóm 1 là cảng biển phía Bắc từ Quảng Ninh tới Ninh Bình; nhóm 2 là Bắc Trung Bộ từ Thanh Hóa đến Hà Tĩnh; nhóm 3 là Trung Trung Bộ từ Quảng Bình đến Quảng Ngãi; nhóm 4 là Nam Trung Bộ từ Bình Định đến Bình Thuận; nhóm 5 là Đông Nam Bộ và nhóm 6 là Đồng bằng sông cửu Long.
Bên cạnh đó, các cảng biển cũng được thiết kế chuyên dụng cho những loại hàng hóa khác nhau. Dựa vào quy mô, chức năng nhiệm vụ của từng cảng, phân định thành 3 loại: cảng tổng hợp quốc gia, cảng địa phương (có phạm vi hấp dẫn và chức năng phục vụ chủ yếu trong phạm vi địa phương đó) và cảng chuyên dùng (phục vụ trực tiếp cho các cơ sở công nghiệp tập trung, hàng qua cảng có tính đặc thù chuyên biệt như dầu thô, than, quặng).
Quy hoạch phân định rõ ràng việc phát triển cảng biển trên cơ sở những điều kiện tự nhiên và nhu cầu phát triển kinh tế của khu vực, nhưng trong đó có tính đến sự tương tác với các cảng biển lân cận. Điều này sẽ khắc phục được tình trạng địa phương nào cũng muốn phát triển cảng biển, tránh đầu tư lãng phí và sử dụng không đúng công năng của một số cảng biển.
Nguồn vốn cần để thực hiện quy hoạch là rất lớn, vì vậy trong quyết đinh phê duyệt nêu rõ cần huy động tối đa mọi nguồn lực trong nước và ngoài nước để phát triển cảng biển. Khuyến khích mọi thành phần kinh tế tham gia đầu tư vào lĩnh vực này, nhất là tham gia qua hình thức nhà nước-tư nhân đối với các cảng có quy mô lớn.
Một điểm phù hợp với thực tế là nguồn vốn ngân sách sẽ tập trung đầu tư cho các hạng mục cơ sở hạ tầng công cộng kết nối với cảng biển như đê chắn cát, trục giao thông nối mạng quốc gia...
Các hạng mục này sẽ được áp dụng cơ chế cho thuê đối với các bến cảng được xây dựng bằng vốn ngân sách. Như vậy, với bờ biển dài, nhiều địa điểm có thể xây dựng thành các cảng biển lớn phục vụ dân sinh và phát triển kinh tế, quy hoạch này sẽ là cơ sở để phát triển hơn nữa lợi thế này của Việt Nam.