Việc Bệnh viện Dầu khí Dung Quất tự áp dụng phụ thu chênh lệch đối với người tham gia bảo hiểm y tế khi khám chữa bệnh đã gây bức xúc cho cán bộ, nhân dân sống tại Khu kinh tế Dung Quất. Các cơ quan chức năng của tỉnh Quảng Ngãi đã vào cuộc để kiểm tra tình hình tại bệnh viện này và xác định, việc tự xây dựng khung giá phụ thu chênh lệch là sai quy định của bộ Y tế và sai với hợp đồng khám chữa bệnh bảo hiểm y tế đã ký kết. Các cơ quan chức năng của tỉnh Quảng Ngãi đã yêu cầu bệnh viện này chấm dứt ngay việc thu phụ thu chênh lệch.
Để bảo vệ quyền lợi cho người tham gia bảo hiểm y tế, Bảo hiểm xã hội tỉnh Quảng Ngãi sẽ cân nhắc việc tiếp tục ký hợp đồng khám, chữa bệnh với Bệnh viện Dầu khí Dung Quất. Nếu bệnh viện này vẫn tiếp tục áp dụng mức giá phụ thu thì Bảo hiểm xã hội tỉnh Quảng Ngãi sẽ chuyển người tham gia bảo hiểm y tế lên Bệnh viện Đa khoa Bình Sơn.