Căn cứ Điều 273 và 275 Bộ Luật Tố tụng hình sự, ngày 6/4/2010, Viện trưởng Viện KSNDTC đã ra Quyết định số 09/ QĐ-VKSTC-Vụ 3, Kháng nghị Giám đốc thẩm bản án hình sự phúc thẩm số 137/2009/HSPT ngày 19/11/2009 của TAND TP.Cần Thơ và Bản án hình sự sơ thẩm số 25/2009/HSST ngày 11 đến 15/8/2009 của TAND huyện Cờ Đỏ, TP.Cần Thơ, đồng thời đề nghị Toà hình sự Toà án NDTC xét xử Giám đốc thẩm huỷ các bản án hình sự nêu trên để điều tra lại theo thủ tục chung.
Quyết Định số 09/QĐ-VKSTC-Vụ 3 đã phân tích làm rõ các sai phạm liên quan đến vụ án Nông trường sông Hậu (NTSH) là giao dịch dân sự, nếu có tranh chấp về nghĩa vụ trả nợ thì sẽ được giải quyết theo quy định của Pháp luật tố tụng Dân sự. Tất cả sai lầm thiếu sót trên của Toà án cấp sơ thẩm và phúc thẩm TP.Cần Thơ là nghiêm trọng, do vậy cần phải hủy cả hai bản án sơ thẩm và phúc thẩm để giải quyết lại vụ án từ giai đoạn điều tra.
Bản án hình sự sơ thẩm số 25/2009/HSST xét xử từ ngày 11 đến 15/8/2009 TAND huyện Cờ Đỏ, TP.Cần Thơ cáo buộc bị cáo Trần Ngọc Sương, nguyên Giám đốc NTSH và 4 cộng sự can tội “lập quỹ trái phép” gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, đã tuyên án bị cáo Trần Ngọc Sương 8 năm tù giam và buộc bồi thường 4,3 tỷ đồng.
Bản án Phúc thẩm TAND TP.Cần Thơ cũng đã tuyên y án và sau đó TAND huyện Cờ Đỏ còn tiếp tục khởi tố bị cáo thêm tội danh “tham ô”.