Với tổng chiều dài hơn 644m, rộng 18m trong đó đường hầm kín dài 140m hầm đường bộ Kim Liên được xem là tuyến đường hầm hiện đại nhất Hà Nội. Tuy nhiên, gần đây tại một số vị trí trên tường tuyến đường hầm này đã xuất hiện những vết nước rò rỉ. Song theo ông TAIJI YANAI, Giám đốc dự án nhà thầu TAISEI, hiện tượng này không phải là sự cố nghiêm trọng có thể gây ảnh hưởng đến chất lượng công trình: "Không thể tránh được hiện tượng rò nước bên trong hầm một cách hoàn toàn do đặc thù của hầm. Tại Nhật Bản cũng xảy ra trường hợp tương tự. Hiện tượng rò nước cũng xuất hiện bên trong hầm tại tầu điện ngầm, tunnel dành cho người đi bộ và hầm cơ giới. Khi xảy ra sự cố trên nhà thầu và các đơn vị tư vấn đã có những biện pháp lien quan đến việc quan trắc và đưa ra biện pháp xử lý".
Những ngày gần đây tại địa bàn Hà Nội xảy ra nhiều đợt mưa trong khi đó phần mặt đường lại đang được thi công nên khó tránh khỏi hiện tượng rò nước bên trong đường hầm. Trước đây khi hầm chưa thông xe tình trạng này cũng đã xảy ra, chủ đầu tư đã yêu cầu đơn vị thi công có biện pháp xử lý.
Hiện tại những vị trí xảy ra rò rỉ nước đơn vị tư vấn giám sát Nhật Bản JBSI đang tổ chức khảo sát rồi sẽ đưa ra nguyên nhân dẫn đến sự cố để có biện pháp xử lý triệt để. Những việc làm trên được triển khai và hoàn tất trước ngày 30/9/2009 khi công trình chính thức hoàn thành và đưa vào sử dụng.