Hệ thống cảnh báo nhanh về an toàn thực phẩm sẽ được xây dựng và tổ chức hoạt động trên toàn quốc với 3 cấp độ: Quốc gia; bộ, ngành, tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và cấp cơ sở.
Theo đó, sẽ tổ chức một điểm cảnh báo trung tâm, cấp cao nhất để tiếp nhận thông tin, xử lý thông tin, cảnh báo về an toàn thực phẩm và sự cố an toàn thực phẩm ở cấp quốc gia tại bộ Y tế.
Từ năm nay đến năm 2016, Đề án sẽ xây dựng và tổ chức hoạt động của hệ thống cảnh báo nhanh và phân tích nguy cơ về an toàn thực phẩm trên toàn quốc.