Đối với Đại học Quốc gia Hà Nội, qua thanh tra đã có một số sai phạm chủ yếu sau: Về liên kết đào đạo đại học và sau đại học trong nước, Đại học Quốc gia Hà Nội cho phép học sinh cao học (học viên chương trình định hướng thực hành chỉ làm tiểu luận là chưa phù hợp quy định của Luật Giáo dục năm 2005 và quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo; việc Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội ban hành quyết định cho phép Trung tâm công nghệ Đào và hệ thống việc làm (gọt tắt là ETC) được tổ chức phối hợp đào tạo trình độ đại học, sau đại học và việc bổ nhiệm Giám đốc, Phó giám đốc ETC là chưa phù hợp quy định. Việc sử dụng kinh phí, quản lý tài chính và việc chuyển tiền của ETC cho Đại học Griggs của Hoa Kỳ qua tài khoản Singapore cần được làm rõ.
Để xử lý, chấn chỉnh các khuyết điểm, sai phạm sau thanh tra, Thủ tướng yêu cầu:
1. Giao Bộ Giáo dục và Đào tạo căn cứ quy định hiện hành quyết định biện pháp xử lý phù hợp, bảo đảm quyền lợi cho các học viên đối với số văn bằng cử nhân, thạc sĩ do đối tác nước ngoài liên kết đào tạo ETC đã cấp cho học viên và số bằng thạc sĩ của Đại học Kinh tế - Đại học Quốc gia Hà Nội cấp chưa phù hợp quy định.
Bộ Giáo dục và Đào tạo thực hiện chức năng quản lý nhà nước tiếp tục kiểm tra tất cả các chương trình liên kết đào tạo quốc tế khác có dấu hiện vi phạm theo đúng quy định.
2. Bộ Tài chính kiểm tra việc sử dụng kinh phí liên quan đến số tiền 21 tỷ 373 triệu đồng để có biện pháp xử lý theo đúng quy định. Đồng thời, kiểm tra kết luận liên quan đến việc trích 0,15% kinh phí nêu trong thư điện tử, báo cáo kết quả lên Thủ tướng Chính phủ trong tháng 12 năm 2012.
Giao Cơ quan Thanh tra giám sát của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam kiểm tra làm rõ việc chuyển tiền của ETC cho Đại học Griggs qua tài khoản ở Singapore; báo cáo kết quả lên Thủ tướng Chính phủ trong tháng 12 năm 2012.
Việc sử dụng kinh phí nêu trên và việc chuyển tiền của ETC cho Đại học Griggs nếu có vụ lợi, tham nhũng phải xử lý nghiêm theo pháp luật.
3. Ủy ban Dân tộc rút kinh nghiệm việc ban hành thông báo và việc cử học viên đi học chưa đảm bảo chặt chẽ theo thỏa thuận của Ủy ban Dân tộc với Nhà tài trợ Dự án Ireland.
4. Bộ Giáo dục và Đào tạo theo dõi, chỉ đạo Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội kiểm điểm, xử lý các thiếu sót, khuyết điểm của tập thể, cá nhân có liên quan; nghiêm túc nhận rõ khuyết điểm trong việc liên doanh, liên kết đào tạo đại học và sau đại học; có biện pháp chấn chỉnh, xử lý kịp thời các vi phạm, khuyết điểm, tạo chuyển biến căn bản trong công tác quản lý đào tạo đại học và sau đại học, đảm bảo yêu cầu chất lượng đào tạo, góp phần đáp ứng nhu cầu nguồn nhân lực có chất lượng cao cho đất nước.