Trong 9 khuyến nghị của EC thì việc kiểm soát hoạt động khai thác của ngư dân là một nội dung được các địa phương đặc biệt lưu tâm. Bởi thực tế cho thấy khi kiểm soát được hoạt động khai thác, cơ quan chức năng sẽ biết được tàu cá hoạt động khu vực vùng biển nào, nguồn gốc lô hải sản khai thác ở đâu. Và công việc này cũng đã được các địa phương triển khai quyết liệt bằng việc bắt buộc ngư dân phải ghi nhật ký hành trình khai thác trong mỗi chuyến vươn khơi. 

Để hỗ trợ ngư dân thực hiện quy định ghi nhật ký hành trình, 2 tỉnh Phú Yên và Bình Định đã thành lập văn phòng đại diện thanh, kiểm tra, kiểm soát nghề cá tại 5/7 cảng cá. Tất cả tàu trên 90CV trước khi ra khơi, chủ tàu và thuyền trưởng đều được cấp phát sổ ghi nhật ký khai thác cũng như ký cam kết không vi phạm vùng biển nước ngoài.

Một yêu cầu đặt ra đối với chủ tàu là khi tàu cập cảng bán cá nếu không có nhật ký khai thác, tàu cá đó sẽ bị xử lý theo qui định. Nhờ kiểm soát chặt việc ghi nhật ký hành trình khai thác mà từ giữa tháng 3 đến nay, tại 4 cảng cả lớn trong tỉnh Phú Yên đã truy xuất  gần 1.000 tấn thủy sản xác nhận nguồn gốc để xuất khẩu. Và cũng chính nhờ vào việc giám sát này mà cơ quan chức năng tại Bình Định và Phú Yên đã nắm rõ hành trình khai thác trên biển của ngư dân để ngăn chặn tình trạng vi phạm vùng biển nước ngoài.

Đến nay, toàn bộ ngư dân khai thác trên biển đã nhận thức được việc phải chấm dứt khai thác bất hợp pháp. Như tại 2 tỉnh Phú Yên và Bình Định, ở nhiều địa phương có đội tàu đánh bắt xa bờ lớn đã giải quyết dứt điểm được tình trạng tàu cá vi phạm vùng biển nước ngoài. Việc ký cam kết không vi phạm vùng biển đánh bắt, ghi nhật ký hành trình là điều kiện bắt buộc mà tất cả ngư dân phải thực hiện. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cũng cho biết sẽ tiếp tục chỉ đạo các địa phương ven biển khắc phục cảnh báo của EC về việc giám sát các tàu khai thác gắn với truy xuất nguồn gốc. 

Theo kế hoạch, từ ngày 16 - 23/5 tới, đoàn Tổng vụ Các vấn đề Biển và Thủy sản của EC sẽ sang Việt Nam kiểm tra việc thực thi 9 khuyến nghị của EC đối với ngành thủy sản Việt Nam. Và EC sẽ có kết luận sau khi kết thúc chuyến làm việc này. Với những nỗ lực từ Chính phủ, các bộ ngành, các địa phương ven biển và ngư dân, chúng ta kỳ vọng EC sẽ rút thẻ vàng đối thủy sản Việt Nam.