Nội dung đề xuất gồm thời gian thực hiện (giai đoạn 2016-2020 hay 2016-2025), cách thức xây dựng khung học phí như ban hành khung theo từng năm hay dựa trên một biến số nào đó (ví dụ chỉ số giá, mức lương cơ sở...); có ban hành mức thu học phí của từng ngành nghề đào tạo đại học hay chỉ quy định mức học phí bình quân của cả trường, trên cơ sở đó trường tự quyết định mức cụ thể cho từng ngành nghề.
Bộ cũng đề nghị các đơn vị đề xuất đối tượng thụ hưởng và phương thức hỗ trợ kinh phí thực hiện chính sách miễn giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập.
Theo Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ đề nghị đề xuất cơ chế học phí mới do Nghị định số 49/2010/NĐ-CP của Chính phủ quy định về vấn đề này chỉ áp dụng đến năm học 2014-2015. Vì vậy, các cơ chế thu, quản lý, sử dụng học phí cũng như các chính sách miễn giảm học phí cho các đối tượng học sinh, sinh viên diện chính sách xã hội sẽ kết thúc vào năm 2015.
Bên cạnh đó, Bộ cũng đề nghị các bộ, ngành và ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chỉ đạo, tổng hợp báo cáo của các cơ sở đào tạo trực thuộc để đánh giá tình hình thực hiện Nghị định số 49 gửi về Bộ.
Nội dung đánh giá gồm tình hình thực hiện chính sách miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập (mặt tích cực và tồn tại hạn chế, khó khăn vướng mắc về đối tượng áp dụng, mức miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập, kinh phí thực hiện và cơ chế chi trả kinh phí hỗ trợ); tình hình thực hiện khung học phí (mặt tích cực và tồn tại hạn chế, khó khăn vướng mắc về mức thu, cơ chế thu, quản lý sử dụng tiền thu học phí, mức độ phù hợp của khung học phí với điều kiện kinh tế xã hội thực tế, đánh giá tác động đối với xã hội và người học)...
Các báo cáo đánh giá này gửi về Bộ Giáo dục và Đào trước ngày 20/10/2014 để Bộ tổng hợp báo cáo Chính phủ.