Nghị quyết nêu rõ, mục tiêu của Kế hoạch đầu tư công trung hạn 5 năm tới là cơ cấu lại và nâng cao hiệu quả sử dụng vốn đầu tư công, thu hút tối đa và sử dụng có hiệu quả các nguồn vốn đầu tư phát triển, hoàn thiện cơ bản hệ thống kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội thiết yếu, phục vụ cho việc thực hiện các mục tiêu Kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội 5 năm 2016-2020 và cơ cấu lại nền kinh tế giai đoạn 2016-2020.
Theo đó, tổng mức vốn đầu tư trung hạn nguồn ngân sách nhà nước giai đoạn 2016-2020 tối đa là 2.000.000 tỷ đồng, bao gồm: Vốn ngân sách trung ương là 1.120.000 tỷ đồng, gồm vốn nước ngoài 300.000 tỷ đồng, vốn trong nước 820.000 tỷ đồng, trong đó phát hành 260.000 tỷ đồng vốn trái phiếu chính phủ (bao gồm 60.000 tỷ đồng vốn trái phiếu chính phủ giai đoạn 2014-2016 chuyển sang), tiền bán vốn Nhà nước tại một số doanh nghiệp là 250.000 tỷ đồng; Vốn cân đối ngân sách địa phương là 880.000 tỷ đồng.
Dự phòng kế hoạch đầu tư trung hạn vốn ngân sách nhà nước giai đoạn 2016-2020 để xử lý những vấn đề phát sinh trong quá trình triển khai kế hoạch đầu tư trung hạn theo mức quy định: Dự phòng chung 10% theo từng nguồn vốn; Các bộ, ngành trung ương và địa phương dành 10% dự phòng trên tổng mức vốn được phân bổ theo kế hoạch trung hạn theo từng nguồn vốn.
Với các Chương trình mục tiêu quốc gia và Dự án quan trọng quốc gia: Trong giai đoạn 2016 – 2020, Quốc hội nhất trí bố trí 72.817 tỷ đồng vốn đầu tư phát triển nguồn ngân sách nhà nước giai đoạn 2016-2020 để thực hiện 02 Chương trình mục tiêu quốc gia là Xây dựng nông thôn mới là 43.119 tỷ đồng và Giảm nghèo bền vững. Bố trí 5.000 tỷ đồng đầu tư giải phóng mặt bằng Dự án Cảng hàng không Quốc tế Long Thành. Bố trí 80.000 tỷ đồng cho các dự án quan trọng quốc gia.
Với các dự án quan trọng quốc gia, Quốc hội sẽ xem xét, quyết định chủ trương đầu tư và mức vốn kế hoạch đầu tư công giai đoạn 2016-2020 cụ thể cho từng dự án quan trọng quốc gia sau khi Chính phủ hoàn thiện hồ sơ, trình Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư các dự án này theo quy định của Luật Đầu tư công.
Thứ tự ưu tiên trong phân bổ vốn ngân sách nhà nước đối với nguồn vốn trong nước, không bao gồm vốn trái phiếu chính phủ: Bố trí đủ vốn để thanh toán nợ đọng xây dựng cơ bản, thu hồi các khoản ứng trước; không bố trí vốn ngân sách nhà nước để thanh toán các khoản nợ đọng phát sinh sau ngày 31 tháng 12 năm 2014; Bố trí vốn đối ứng cho dự án sử dụng vốn ODA và vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài; vốn đầu tư của Nhà nước tham gia thực hiện dự án theo hình thức hợp tác công tư (PPP); Bố trí vốn cho các dự án chuyển tiếp hoàn thành trong giai đoạn 2016-2020; Sau khi bố trí đủ vốn theo thứ tự ưu tiên nêu trên, trường hợp còn vốn sẽ xem xét bố trí cho các dự án khởi công mới.
Đối với nguồn vốn trái phiếu chính phủ, việc phân bổ vốn thực hiện theo thứ tự ưu tiên: Bố trí đủ phần vốn trái phiếu chính phủ còn thiếu trong tổng mức đầu tư của các dự án, công trình quan trọng thuộc lĩnh vực giao thông, thủy lợi theo đúng quy định tại Phụ lục số 3 của Nghị quyết số 726/NQ-UBTVQH13 của Ủy ban thường vụ Quốc hội và Dự án Di dân tái định cư thủy điện Sơn La; Sau khi bố trí đủ vốn cho các dự án trên, xem xét, bố trí vốn cho các dự án mới, thực sự cấp bách thuộc ngành y tế, giao thông, thủy lợi; chương trình kiên cố hóa trường lớp học mầm non, tiểu học cho vùng đồng bào dân tộc thiểu số, vùng sâu, vùng xa.
Đối với nguồn vốn nước ngoài, bố trí đủ kế hoạch vốn cho các dự án có khả năng thực hiện và giải ngân đối với số vốn ngân sách trung ương đã ký kết Hiệp định của từng dự án trong giai đoạn 2016-2020. Mức vốn kế hoạch trung hạn bố trí cho từng dự án không vượt quá số vốn nước ngoài nguồn ngân sách trung ương được cấp có thẩm quyền phê duyệt.