Ngân hàng Nhà nước cho biết, VAMC là doanh nghiệp đặc thù, được tổ chức dưới hình thức công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ và chịu sự quản lý Nhà nước, thanh tra, giám sát của Ngân hàng Nhà nước.
Vốn điều lệ của VAMC được cấp từ nguồn vốn hợp pháp của Ngân hàng Nhà nước. Về cơ chế xử lý nợ, VAMC sẽ phát hành trái phiếu đặc biệt để mua nợ của các tổ chức tín dụng. Tổ chức tín dụng bán nợ cho VAMC có thể sử dụng trái phiếu đặc biệt để vay tái cấp vốn tại Ngân hàng Nhà nước.