Quy trình vận hành liên hồ chứa có 4 chương, 36 điều, quy định trong mùa mưa lũ từ ngày 1/9 đến ngày 15/12, ngoài việc bảo đảm an toàn tuyệt đối công trình, các hồ thủy điện sông Ba Hạ, Krông H’Năng, An Khê - Kanak không được để mực nước chết hồ chứa vượt cao trình mực nước kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 1.000 năm; hồ thủy điện Sông Hinh nhỏ hơn hoặc bằng 200 năm và hồ thủy điện Ayun Hạ nhỏ hơn hoặc bằng 100 năm. Các hồ chứa phải góp phần giảm lũ cho hạ du, đảm bảo hiệu quả phát điện.
Trong mùa cạn từ ngày 16/12 năm trước đến ngày 31/8 năm sau, phải đảm bảo nhu cầu sử dụng nước tối thiểu ở hạ du và hiệu quả phát điện. Việc vận hành các công trình phải đúng quy trình vận hành đã được ban hành, đảm bảo ổn định cho hệ thống công trình đầu mối…
Trên hệ thống sông Ba có 6 nhà máy thủy điện, trong đó tỉnh Phú Yên có 3 nhà máy là Sông Ba Hạ với sông suất 220MW, Thủy điện Sông Hinh 70MW và Krông H’Năng 64MW. Các nhà máy thủy điện trên có tổng dung tích hồ chứa khoảng 878,3 triệu m3, chiếm 9% lượng nước sông Ba.