Tồn dư hóa chất kháng sinh trong thủy sản nuôi vượt giới hạn cho phép trong năm 2012 là 1,5%; hóa chất bảo quản, ô nhiễm vi sinh vật gây bệnh trong thủy sản sau thu hoạch khoảng 5,3%.
Trong khi đó, tỷ lệ mẫu rau có tồn dư thuốc bảo vệ thực vật trong rau vượt mức cho phép có xu hướng giảm nhưng vẫn còn ở mức cao, năm 2012 chiếm 8%.
Ô nhiễm vi sinh vật đối với thịt heo, thịt gà tại cơ sở giết mổ, cơ sở kinh doanh thịt cũng đang là điểm nóng về an toàn vệ sinh thực phẩm, khi có tới 10% mẫu thịt heo nhiễm Salmonella và gần 39% số mẫu thịt gà nhiễm Ecoli vượt quá giới hạn cho phép