Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, trong khoảng thời gian 2013 - 2014, bị cáo Nguyễn Minh Hùng thông qua Võ Mạnh Cường (Giám đốc Công ty TNHH Thương mại hàng hải Quốc tế H&C) và 10 đồng phạm đã làm giả các tài liệu, sử dụng các giấy tờ giả, hợp đồng giả, con dấu giả, gồm: Giấy chứng nhận lưu hành tự do (FSC), giấy chứng nhận thực hành tốt sản xuất thuốc (GMP) của Canada giả và đóng dấu giả hợp pháp hóa Lãnh sự của Đại sứ quán Việt Nam tại Canada; làm giả hồ sơ đề nghị Cục Quản lý Dược cấp phép nhập khẩu thuốc H-Capita; làm giả hợp đồng mua bán, các phụ lục hợp đồng mua bán với Công ty Austin Hồng Kông và các chứng từ giả để nhập khẩu 9.300 hộp thuốc H-Capita chữa bệnh ung thư giả vào Việt Nam với mục đích bán kiếm lời (thực tế đã nhập 9.300 hộp thuốc H-Capita). Toàn bộ 9.300 hộp thuốc H-Capita giả về nguồn gốc xuất xứ nơi sản xuất, giả về chất lượng (không sử dụng để chữa bệnh cho người).
Trị giá lô thuốc 251.100 USD (tương đương hơn 5,3 tỉ đồng), được nâng khống thêm giá mua là 320.850 USD (tương đương hơn 6,8 tỉ đồng). Số tiền nâng giá thuốc được chuyển vào hai tài khoản dịch vụ chuyển tiền ở nước ngoài của Công ty Auspicious Keen Limited và Công ty Sigma Holding Corp (có cùng địa chỉ tại 132 Nathan Road, Tsim Sha Tsui, Kowloon, Hồng Kông) rồi sau đó các bị cáo nhận lại bằng Việt Nam đồng tại Việt Nam. Đây là khoản thu lợi bất chính của các bị cáo ngay trong giai đoạn mua thuốc, bởi vì khi nhập khẩu các bị cáo đã khai báo giá thuốc nhập khẩu là 75 USD/hộp và nộp thuế nhập khẩu theo giá này; đồng thời kết quả đấu thầu lô thuốc cung cấp vào các bệnh viện có giá là 31.000 đồng/viên (chênh lệch khoảng 12.000 đồng/viên so với giá mua thực tế và tiền thuế nhập khẩu).
Theo Viện Kiểm sát, hành vi buôn bán 9.300 hộp thuốc H-Capita giả của các bị cáo đã gây ra hậu quả đặc biệt nghiêm trọng. Trong đó, Nguyễn Minh Hùng và Võ Mạnh Cường giữ vai trò chủ mưu, cầm đầu; 10 bị cáo còn lại có vai trò đồng phạm tích cực. Toàn bộ lô thuốc H-Capita sau khi nhập khẩu vào Việt Nam đã bị phát hiện, thu giữ nên thiệt hại thực tế của Công ty cổ phần VN Pharma là hơn 6 tỉ đồng (tiền chi thực tế và tiền thuế nhập khẩu).
Trước đó vào tháng 8/2017, Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã đưa ra xét xử sơ thẩm vụ án "Buôn lậu", "Làm giả con dấu, tài liệu cơ quan, tổ chức" xảy ra tại Công ty cổ phần VN Pharma và tuyên phạt Hùng, Cường cùng 12 năm tù về tội "Buôn lậu"; 7 đồng phạm còn lại lãnh mức án từ 1 năm 6 tháng tù đến 5 năm tù. Tới phiên tòa phúc thẩm, ngày 30/10/2017, Tòa án nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh đã chấp nhận kháng nghị của Viện Kiểm sát nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh, tuyên hủy toàn bộ bản án sơ thẩm và đề nghị điều tra các bị cáo về dấu hiệu phạm tội " buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh". Quá trình điều tra lại, Cơ quan điều tra đã khởi tố thêm ba bị can gồm Phan Xuân Thiện, Hoàng Trúc Vy và Phạm Quỳnh Trang.
Tới tháng 7/2019, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao ban hành cáo trạng, truy tố Hùng, Cường và 10 đồng phạm về tội "Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh" theo điều 157 Bộ luật Hình sự năm 1999. Đồng thời, từ sai phạm trong việc cấp phép đã dẫn đến Công ty cổ phần VN Pharma nhập thuốc chữa bệnh ung thư giả vào Việt Nam, Viện kiểm sát nhân dân Tối cao đã yêu cầu Cơ quan điều tra khởi tố vụ án hình sự về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" đối với các cá nhân liên quan tại Bộ Y tế.
Tới ngày 18/9, Cơ quan An ninh điều tra - Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" xảy ra tại Cục Quản lý Dược - Bộ Y tế và các cơ quan, đơn vị có liên quan trong việc thẩm định, xét duyệt, cấp phép và cho thông quan nhập khẩu đối với lô thuốc H-Capita.