Điều đáng nói, chủ đầu tư của một số thủy điện nhỏ không có kinh nghiệm về làm thủy điện. Thậm chí, có chủ đầu tư thủy điện tự ý điều chỉnh quy mô, thay đổi cả thiết kế bản vẽ kỹ thuật thi công so với hồ sơ thiết kế ban đầu được phê duyệt.
Một số công trình thủy điện không có khả năng cắt lũ, chống hạn, do chủ đầu tư chia nhỏ các hồ đa mục tiêu.
Vì vậy, việc loại bỏ 12 dự án thủy điện này nhằm quản lý chặt chẽ hơn các dự án thủy điện, để tránh lãng phí, đảm bảo hài hòa các lợi ích phát điện và điều tiết nước, đặc biệt là đảm bảo an toàn tính mạng của người dân vùng hạ du.