Mục tiêu của Đề án Tổ chức lại sản xuất trong khai thác hải sản nhằm nâng cao hiệu quả và thu nhập của ngư dân, đồng thời hướng đến phát triển ngành công nghiệp khai thác hải sản hiệu quả và bền vững.
Đề án nhấn mạn, đến năm 2020, khoảng 40% tàu cá khai thác hải sản trên biển hoạt động theo các mô hình liên kết. 100% tàu cá khai thác hải sản vùng khơi được cung cấp bản tin dự báo ngư trường hạn ngắn (7-15 ngày/ bản tin). Số vụ tàu cá bị thiệt hại do thiên tai, rủi ro trên biển giảm xuống dưới 75% so với năm 2011.
Trước mắt, các ngành, các địa phương sẽ sắp xếp lại tàu thuyền khai thác hải sản vùng biển ven bờ và vùng lộng theo quy hoạch, phát triển mô hình tổ chức đồng quản lý nghề cá vùng biển ven bờ.và mô hình hợp tác xã, tổ ngư dân đoàn kết sản xuất trên biển... Bên cạnh đó, dịch vụ hậu cần trên bờ, nhất là khâu thu mua, bảo quản và tiêu thụ sản phẩm cũng sẽ được tổ chức lại theo hướng liên kết chia sẻ lợi ích giữa ngư dân khai thác với tổ chức, doanh nghiệp thu mua sản phẩm của ngư dân.